[日本語] English
万見
- PDB-5koe: The structure of Arabidopsis thaliana FUT1 in complex with XXLG -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5koe
タイトルThe structure of Arabidopsis thaliana FUT1 in complex with XXLG
要素Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
キーワードCELL ADHESION / acetyl transferase / XXLG / GT37 / Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase activity / xyloglucan biosynthetic process / fucosyltransferase activity / cell wall biogenesis / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / Golgi cisterna membrane / Golgi medial cisterna / cell wall organization / Golgi membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Xyloglucan fucosyltransferase / Xyloglucan fucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2017
タイトル: Structural, mutagenic and in silico studies of xyloglucan fucosylation in Arabidopsis thaliana suggest a water-mediated mechanism.
著者: Urbanowicz, B.R. / Bharadwaj, V.S. / Alahuhta, M. / Pena, M.J. / Lunin, V.V. / Bomble, Y.J. / Wang, S. / Yang, J.Y. / Tuomivaara, S.T. / Himmel, M.E. / Moremen, K.W. / York, W.S. / Crowley, M.F.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
B: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
C: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
D: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,45242
ポリマ－216,8944
非ポリマー3,55838
水37,4172077
1
A: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26315
ポリマ－54,2231
非ポリマー2,03914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4437
ポリマ－54,2231
非ポリマー2206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,02712
ポリマ－54,2231
非ポリマー80411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7188
ポリマ－54,2231
非ポリマー4957
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子

D: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,98123
ポリマ－108,4472
非ポリマー2,53421
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area36260 Å2
手法PISA
6
C: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子

B: Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,47119
ポリマ－108,4472
非ポリマー1,02417
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area36800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.748, 80.150, 157.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase / Xyloglucan alpha-(1 / 2)-fucosyltransferase / AtFUT1


分子量: 54223.488 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 84-558 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FUT1, FT1, MUR2, At2g03220, T18E12.11 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9SWH5, EC: 2.4.1.69
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1225.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-1-2-2-2-3/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 2114分子

#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7 mg/mL protein in 0.1 M MES pH 6.0 to 7.0 and 16% to 23% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54188 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日 / 詳細: Helios mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 191803 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.75 % / Rmerge(I) obs: 0.0948 / Net I/σ(I): 11.61
反射 シェル解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 5.32 % / Rmerge(I) obs: 0.7225 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PROTEUM PLUSデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→157.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.549 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21676 9305 4.9 %RANDOM
Rwork0.16564 ---
obs0.16811 182014 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å2-0 Å2-0.57 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→157.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14440 0 194 2077 16711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.01915732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0851.94421447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0893.00333477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02151930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8923.912708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.418152575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9661569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.22284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02117789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5241.2477579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5231.2477578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.551.8569556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.551.8569557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9691.4598153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9691.4598153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1292.10611892
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.73116.33418716
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.54515.418196
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.788→1.835 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 726 -
Rwork0.316 12867 -
obs--96.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8497-0.19660.21840.6986-0.15590.879-0.0520.0130.03330.001-0.0155-0.0602-0.00420.06230.06750.1083-0.00830.03760.07150.00870.023437.9533.274143.91
21.0965-0.08940.76880.2598-0.16810.8089-0.0471-0.1507-0.0447-0.00330.05150.03170.0559-0.1762-0.00440.1240.00210.02850.1295-0.00110.016210.6934.058142.513
30.79880.39190.21531.02060.53621.50870.01720.0080.09710.0846-0.08380.13840.1551-0.18180.06660.1126-0.0120.03910.0547-0.00670.030876.863-9.70192.726
41.29660.43270.89620.25050.2820.98850.06470.1646-0.12060.03190.0387-0.05890.08410.2164-0.10330.12360.0080.0170.1028-0.01320.0237104.185-8.8993.932
51.2204-0.2079-0.31030.53480.06461.7189-0.0676-0.1057-0.02720.01740.0348-0.00440.10460.32140.03280.0942-0.00690.04760.1263-0.0010.025667.122-0.139127.349
61.0860.11220.47470.1690.14691.03630.006-0.0797-0.03290.0198-0.01250.03410.0476-0.09430.00650.1199-0.01350.03980.0779-0.01120.046339.6090.264126.488
71.32570.08050.02990.6415-0.12841.8309-0.0130.04420.03160.0172-0.00550.0299-0.0806-0.30950.01850.09570.02460.0370.13130.00910.018447.70837.615108.619
81.2986-0.02490.42940.20960.00430.79360.01360.09370.02210.0125-0.0308-0.0433-0.00330.07650.01710.1162-0.01750.02330.07590.02550.022474.82238.57109.78
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A95 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2A327 - 558
3X-RAY DIFFRACTION3B94 - 323
4X-RAY DIFFRACTION4B324 - 558
5X-RAY DIFFRACTION5C91 - 322
6X-RAY DIFFRACTION6C323 - 558
7X-RAY DIFFRACTION7D93 - 322
8X-RAY DIFFRACTION8D323 - 558

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る