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- PDB-5myk: Structure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#17 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myk
タイトルStructure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#17 in complex with murine Abeta-pE3-18PEGb
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • Fab c#17 heavy chain
  • Fab c#17 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Alzheimer's disease / pyroglutamate Abeta / monoclonal antibody / fibrillation
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of presynapse assembly / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / cytosolic mRNA polyadenylation / ECM proteoglycans / synaptic assembly at neuromuscular junction / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / negative regulation of presynapse assembly / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / cytosolic mRNA polyadenylation / ECM proteoglycans / synaptic assembly at neuromuscular junction / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Platelet degranulation / ciliary rootlet / Mitochondrial protein degradation / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / collateral sprouting in absence of injury / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / central nervous system neuron differentiation / presynaptic active zone / mating behavior / neuromuscular process controlling balance / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / negative regulation of neuron differentiation / spindle midzone / intracellular vesicle / forebrain development / dendrite development / smooth endoplasmic reticulum / signaling receptor activator activity / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / positive regulation of mitotic cell cycle / adult locomotory behavior / locomotory behavior / neuromuscular junction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuron cellular homeostasis / visual learning / recycling endosome / G2/M transition of mitotic cell cycle / memory / cognition / long-term synaptic potentiation / endocytosis / neuron differentiation / neuron projection development / apical part of cell / synaptic vesicle / cell-cell junction / mitotic cell cycle / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / growth cone / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / cytoplasmic vesicle / perikaryon / gene expression / early endosome / neuron projection / receptor complex / cell adhesion / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon / protein domain specific binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Parthier, C. / Piechotta, A. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analyses of pyroglutamate-amyloid-beta-specific antibodies as a basis for Alzheimer immunotherapy.
著者: Piechotta, A. / Parthier, C. / Kleinschmidt, M. / Gnoth, K. / Pillot, T. / Lues, I. / Demuth, H.U. / Schilling, S. / Rahfeld, J.U. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2017年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: atom_site / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab c#17 light chain
B: Fab c#17 heavy chain
C: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6003
ポリマ－50,6003
非ポリマー00
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.915, 42.943, 57.979
Angle α, β, γ (deg.)83.850, 83.340, 90.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 Fab c#17 light chain


分子量: 24080.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab c#17 heavy chain


分子量: 24648.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein / ABPP / APP / Alzheimer disease amyloid A4 protein homolog / Amyloid precursor protein / ...ABPP / APP / Alzheimer disease amyloid A4 protein homolog / Amyloid precursor protein / Amyloidogenic glycoprotein / AG / Beta-amyloid precursor protein


分子量: 1871.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P12023
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES Sodium Salt 0.2M Calcium Acetate 18% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.326 Å / Num. obs: 48637 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.993 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 16.33 / Num. measured all: 96945 / Scaling rejects: 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.71.9870.4131.9880190.7510.58493.7
1.7-1.81.9940.2513.2364090.8840.35694.5
1.8-1.91.9940.155.3251190.9560.21395.1
1.9-21.9960.0878.941320.9820.12494.8
2-2.51.9940.04416.06122530.9950.06395.2
2.5-31.9940.02328.8754310.9980.03295.6
3-3.51.9950.01640.7227210.9990.02393.9
3.5-41.9950.01546.7715150.9990.02193.5
4-4.51.9970.01452.869110.9990.0292.6
4.5-101.9960.01451.4719690.9990.01993.6
10-201.9940.01555.491580.9980.02185.4
20-30
19.326-30

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.36 Å19.33 Å
Translation6.36 Å19.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MY4

5my4


解像度: 1.6→19.326 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 2433 5 %
Rwork0.1726 --
obs0.1745 48636 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.89 Å2 / Biso mean: 25.6257 Å2 / Biso min: 10.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 0 0 392 3773
Biso mean---34.31 -
残基数----443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8574749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0012454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.63260.3261400.28422640278092
1.6326-1.66810.28221420.27112711285395
1.6681-1.70690.33391450.25032739288494
1.7069-1.74960.26641410.23352690283194
1.7496-1.79680.27371440.22512726287095
1.7968-1.84970.23561440.21212746289095
1.8497-1.90930.26831420.19952697283995
1.9093-1.97750.22891450.1872753289895
1.9775-2.05660.25851440.18612734287895
2.0566-2.15010.2361450.17952747289295
2.1501-2.26330.23851430.17882722286595
2.2633-2.40480.23351440.18152739288395
2.4048-2.59010.23161440.18482747289196
2.5901-2.850.2061440.17182733287796
2.85-3.26070.2011430.16922717286094
3.2607-4.10170.17431410.13992682282393
4.1017-19.3270.14631420.13592680282293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8256-0.2172-0.30761.3481-0.4771.6990.07510.1174-0.2134-0.1269-0.0193-0.08090.74940.10370.01950.38710.0561-0.03590.18060.00960.20722.0469-11.6256-1.3157
21.5104-0.46160.54631.4622-0.46792.21690.0382-0.1421-0.1396-0.21970.05970.05020.4558-0.1336-0.03060.1928-0.0236-0.03640.1424-0.01050.1433-5.5172-2.4553-3.9197
30.979-0.93120.31531.0914-0.57722.02160.0397-0.02230.0815-0.2169-0.1255-0.18260.37150.11150.01640.19130.017-0.00870.1239-0.0020.1362.2045-2.3165-6.5987
40.7191-0.71270.54410.9978-0.76190.55950.14920.16780.1062-0.2677-0.1814-0.0610.3330.02940.04950.1814-0.0055-0.00230.20310.00910.16781.1773-10.41483.2464
51.32740.1608-1.14440.8539-0.20082.1020.09050.15490.07820.0733-0.0031-0.085-0.1046-0.1955-0.07120.18170.0218-0.0040.12720.00330.13926.9974-24.58325.462
60.872-0.0433-0.20530.7281-0.161.95920.0545-0.01520.03380.05750.0710.0932-0.0895-0.1514-0.1190.1168-0.01110.02160.17730.01030.1615-12.19628.99829.4629
71.0448-0.62490.45661.3608-0.21461.0699-0.1210.0824-0.15730.26130.065-0.09970.06640.04750.01740.2056-0.00740.02510.1383-0.01540.20816.0784-9.700630.3832
81.1769-0.4667-0.38711.24440.38221.4274-0.0744-0.0498-0.0170.04940.0358-0.1643-0.04920.14280.02020.2029-0.00220.01390.1214-0.02540.24814.2371-10.217731.3671
92.02050.8207-0.81060.95010.42372.0258-0.03150.18280.1442-0.2480.10950.1171-0.1375-0.0788-0.11640.14750.0004-0.04250.34210.05810.1992-19.273212.9627-3.1707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 18 )A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 53 )A19 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 95 )A54 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 118 )A96 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 119 through 219 )A119 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 112 )B1 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 113 through 154 )B113 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 155 through 222 )B155 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 2 through 6 )C2 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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