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- PDB-5mxw: Crystal structure of yellow lupin LLPR-10.2B protein in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mxw
タイトルCrystal structure of yellow lupin LLPR-10.2B protein in complex with melatonin and trans-zeatin.
要素Class 10 plant pathogenesis-related protein
キーワードPLANT PROTEIN / phytohormon binding protein / PR-10 protein / melatonin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding ...cytokinin binding / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / Unknown ligand / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / Class 10 plant pathogenesis-related protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Sliwiak, J. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
資金援助2件
組織認可番号国
European UnionFP7/2007-2013
BioStruct-X283570
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: PR-10 proteins as potential mediators of melatonin-cytokinin cross-talk in plants: crystallographic studies of LlPR-10.2B isoform from yellow lupine.
著者: Sliwiak, J. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Hyp-1, a Hypericum perforatum PR-10 Protein, in Complex with Melatonin.
著者: Sliwiak, J. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystallographic and CD probing of ligand-induced conformational changes in a plant PR-10 protein.
著者: Sliwiak, J. / Dolot, R. / Michalska, K. / Szpotkowski, K. / Bujacz, G. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2014
タイトル: Specific binding of gibberellic acid by cytokinin-specific binding proteins: a new aspect of plant hormone-binding proteins with the PR-10 fold.
著者: Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Ciesielska, A. / Barciszewski, J. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: ANS complex of St John's wort PR-10 protein with 28 copies in the asymmetric unit: a fiendish combination of pseudosymmetry with tetartohedral twinning.
著者: Sliwiak, J. / Dauter, Z. / Kowiel, M. / McCoy, A.J. / Read, R.J. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: FEBS J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein.
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#6: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin.
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass.
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#8: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine.
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#9: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin.
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#10: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: The landscape of cytokinin binding by a plant nodulin.
著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / symmetry
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _symmetry.space_group_name_H-M
改定 1.32018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class 10 plant pathogenesis-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,13520
ポリマ－16,6611
非ポリマー47519
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.400, 74.400, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Class 10 plant pathogenesis-related protein / PR10.2B


分子量: 16660.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
遺伝子: pr10.2b, Ypr10.2b / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LLQ2

-
非ポリマー , 5種, 167分子

#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ML1 / N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / Melatonin / メラトニン


分子量: 232.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O2
#5: 化合物 ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン


分子量: 219.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 % / 解説: prism
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 1.4 M sodium citrate pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→46.59 Å / Num. obs: 29524 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.984 % / Biso Wilson estimate: 31.574 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 22.2 / Num. measured all: 147160
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.57-1.664.8920.7442.0122935476446880.7890.83498.4
1.66-1.784.9840.4233.5122355448644850.9280.473100
1.78-1.925.0170.1927.4720954417841770.9820.215100
1.92-2.115.0420.08316.6119304382938290.9960.092100
2.11-2.355.0550.05225.8717592348034800.9980.058100
2.35-2.725.0630.03735.8415619308730850.9990.04199.9
2.72-3.325.010.02650.9813075261026100.9990.029100
3.32-4.694.9280.02163.5710044204320380.9990.02399.8
4.69-46.594.6660.02263.865282114411320.9990.02599

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2qim

2qim


解像度: 1.57→46.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 3.191 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 1057 3.6 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1858 28468 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.5 Å2 / Biso mean: 32.201 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å2-0.91 Å2-0 Å2
2---0.91 Å2-0 Å2
3---2.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1162 0 50 149 1361
Biso mean--37.19 38.52 -
残基数----155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8662.0031688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7913.0042784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0395159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58326.45848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50815214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg0.424151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02251
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 79 -
Rwork0.321 2019 -
all-2098 -
obs--96.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6175-2.98631.24219.0103-3.01552.2127-0.0141-0.3564-0.33040.51380.30230.712-0.29870.0752-0.28810.14860.04620.08070.16710.07450.0861111.56896.8036.976
21.24990.16320.53410.6749-0.11540.6877-0.07720.0426-0.2468-0.10880.1277-0.0723-0.00090.0456-0.05050.0928-0.0090.00840.11750.01110.0934114.87791.168-8.316
32.029-0.05732.07991.3503-1.21063.2073-0.1866-0.0197-0.1085-0.02040.28760.0168-0.1814-0.1401-0.1010.130.0078-0.00320.21840.02230.0103115.26499.555-6.215
41.696-2.8860.1957.426-2.26141.51090.0811-0.0991-0.19180.3936-0.05060.3547-0.37870.1933-0.03060.19320.0240.0210.17170.04960.0336112.353103.4731.652
52.0408-1.9235-0.026810.3487-0.79090.3187-0.0924-0.5317-0.19020.20260.03-0.0929-0.11830.02480.06240.08890.0066-0.00770.21520.03620.0506104.83991.8150.682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3A77 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4A91 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5A127 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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