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万見
- PDB-3e85: Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+85
タイトルCrystal Structure of Pathogenesis-related Protein LlPR-10.2B from yellow lupine in complex with Diphenylurea
要素PR10.2B
キーワードPLANT PROTEIN / PLANT HORMONES / CYTOKININ / DIPHENYLUREA / PLANT PR-10 PROTEIN / YELLOW LUPINE / Pathogenesis-related protein / Plant defense
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin binding / response to biotic stimulus / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity ...cytokinin binding / response to biotic stimulus / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIPHENYLUREA / Class 10 plant pathogenesis-related protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fernandes, H.C. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein.
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus Pathogenesis-Related Protein as a Reservoir for Cytokinin
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Joost van Neerven, R.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a hypoallergenic isoform of the major birch pollen allergen Bet v 1 and its likely biological function as a plant steroid carrier
著者: Markovi-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H.
履歴
登録2008年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / database_2 ...citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR10.2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8017
ポリマ－16,9061
非ポリマー8956
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.362, 73.256, 99.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PR10.2B / Class 10 plant pathogenesis-related protein


分子量: 16906.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
遺伝子: pr10.2b, Ypr10.2b / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9LLQ2
#2: 化合物
ChemComp-BSU / 1,3-DIPHENYLUREA / DIPHENYLCARBAMIDE / 1,3-ジフェニル尿素


分子量: 212.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N2O / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.88 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.4 M Sodium citrate, 0.1 M citrate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 9529 / % possible obs: 99.56 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QIM

2qim


解像度: 1.95→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.931 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 860 9.1 %RANDOM
Rwork0.18788 ---
obs0.19323 8631 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.611 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1155 0 66 134 1355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221257
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8782.0261692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94132049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2145153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89526.45848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87515210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.89151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.289
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1920.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1440.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0441.5760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2411.5319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.852.51225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2295506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.45610467
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 53 -
Rwork0.213 601 -
obs--96.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1419-0.28830.46351.54631.41871.47330.01280.1037-0.102-0.1020.0707-0.23590.05130.0884-0.0835-0.0758-0.00840.0448-0.08070.0452-0.166121.591710.21559.8226
23.661.62561.4314.41781.11942.54810.02860.1313-0.37120.07930.0404-0.09580.19030.0119-0.069-0.13560.02050.0549-0.11340.0093-0.22213.35529.822164.2164
34.52243.90977.641214.51242.164314.68290.5927-0.9092-1.06740.0618-0.5033-1.08830.6686-0.1093-0.08940.1759-0.06870.07010.54620.06280.197616.69018.363364.5678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 862 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2AA87 - 15488 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3AB - E158 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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