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Yorodumi- PDB-3lpe: Crystal structure of Spt4/5NGN heterodimer complex from Methanoco... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lpe | ||||||
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Title | Crystal structure of Spt4/5NGN heterodimer complex from Methanococcus jannaschii | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / Transcription Regulation / Spt4 / Spt5 / NusG / Archaea / evolution / DNA-directed RNA polymerase / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Transcription / Zinc-finger | ||||||
Function / homology | Function and homology information transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribosome / structural constituent of ribosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Hirtreiter, A. / Damsma, G.E. / Cheung, A.C.M. / Klose, D. / Grohmann, D. / Vojnic, E. / Martin, A.C.R. / Cramer, P. / Werner, F. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2010 Title: Spt4/5 stimulates transcription elongation through the RNA polymerase clamp coiled-coil motif. Authors: Hirtreiter, A. / Damsma, G.E. / Cheung, A.C. / Klose, D. / Grohmann, D. / Vojnic, E. / Martin, A.C. / Cramer, P. / Werner, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lpe.cif.gz | 226.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lpe.ent.gz | 184.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lpe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/3lpe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 9935.523 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: NGN Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Gene: MJ0372 / Plasmid: pGEX-2TK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (Rosetta 2) Novagen / References: UniProt: Q57818 #2: Protein | Mass: 6587.811 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Gene: rpoE2, MJ0396 / Plasmid: pGEX-2TK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (Rosetta 2) Novagen / References: UniProt: Q57839, DNA-directed RNA polymerase #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20-30% PEG 400, 50mM MES pH 5.5-7.0, 30mg/mL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 88 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2009 |
Radiation | Monochromator: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→44.4 Å / Num. all: 47050 / Num. obs: 47050 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 86.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RYQ, 3EWG Resolution: 1.9→44.355 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.114 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.136 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→44.355 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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