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万見
- PDB-3no8: Crystal structure of the PHR domain from human BTBD2 Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3no8
タイトルCrystal structure of the PHR domain from human BTBD2 Protein
要素BTB/POZ domain-containing protein 2
キーワードISOMERASE REGULATOR / PHR domain / BTBD1 / BTBD2 / PAM-Highwire-RPM-1 domain / Toposisomerase Regulation / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


神経発生 / P-body / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PHR domain / PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac ...PHR domain / PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BTB/POZ domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Miller, S. / Rutter, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Miller, S. / Rutter, M. / Bain, K. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the PHR domain from human BTBD2 Protein
著者: Sampathkumar, P.
履歴
登録2010年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BTB/POZ domain-containing protein 2
B: BTB/POZ domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6867
ポリマ－39,2222
非ポリマー4645
水2,072115
1
A: BTB/POZ domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9835
ポリマ－19,6111
非ポリマー3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BTB/POZ domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7032
ポリマ－19,6111
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.513, 59.513, 175.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 BTB/POZ domain-containing protein 2


分子量: 19610.877 Da / 分子数: 2 / 断片: PHR domain residues 361-525 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTBD, BTBD2 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: Q9BX70
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 100mM citric acid, 2000mM ammonium sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.07 Å / Num. obs: 16797 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 27 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 2380 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly-ala model of PDB Code: 3GBW

3gbw


解像度: 2.2→40.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.062 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 850 5.1 %RANDOM
Rwork0.1992 ---
obs0.2021 16775 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.74 Å2 / Biso mean: 29.8841 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 29 115 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.9253328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88833820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6845312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24324.159113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11415342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5991511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.51548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2061.5646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60622495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5743901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0724.5833
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 61 -
Rwork0.193 1134 -
all-1195 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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