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Yorodumi- PDB-3ie5: Crystal structure of Hyp-1 protein from Hypericum perforatum (St ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ie5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Hyp-1 protein from Hypericum perforatum (St John's wort) involved in hypericin biosynthesis | ||||||
Components | Phenolic oxidative coupling protein Hyp-1 | ||||||
Keywords | Plant Protein / BIOSYNTHETIC PROTEIN / hypericin / St John's wort / depression / allergy / PR-10 protein / cytokinin / plant hormones / polyethylene glycol / PEG / Pathogenesis-related protein / Plant defense | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hypericum perforatum (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.688 Å | ||||||
Authors | Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2010 Title: Crystal structure of Hyp-1, a St. John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin Authors: Michalska, K. / Fernandes, H. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2008 Title: Crystallization and preliminary crystallographic studies of Hyp-1, a St John's wort protein implicated in the biosynthesis of hypericin Authors: Fernandes, H. / Konieczna, M. / Kolodziejczyk, R. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #2: Journal: Febs J. / Year: 2009 Title: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein Authors: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #3: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2008 Title: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin Authors: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #4: Journal: Plant Cell / Year: 2006 Title: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin Authors: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #5: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2005 Title: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass Authors: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #6: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2002 Title: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine Authors: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #7: Journal: Nat.Struct.Biol. / Year: 1996 Title: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy Authors: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Joost van Neerven, R.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ie5.cif.gz | 96.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ie5.ent.gz | 73 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ie5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ie5_validation.pdf.gz | 819.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ie5_full_validation.pdf.gz | 826.2 KB | Display | |
Data in XML | 3ie5_validation.xml.gz | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3ie5_validation.cif.gz | 26.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ie5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ie5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1tw0S 1xdfS 2bk0S 2flhS 2qimS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 18495.109 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hypericum perforatum (plant) / Gene: hyp-1 / Plasmid: pET151/D / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8H1L1 |
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-Non-polymers , 7 types, 269 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-PGE / | ||||||||
#4: Chemical | ChemComp-PG4 / #5: Chemical | ChemComp-PE8 / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | THE RESIDUES ARE NUMBERED NON-SEQUENTIALLY. RESIDUE NUMBER ZERO IS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING, ...THE RESIDUES ARE NUMBERED NON-SEQUENTIAL |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.4M NaCl, 0.1M Tris/HCl, 30% (w/v) PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.688→30 Å / Num. all: 39813 / Num. obs: 39813 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.688→1.75 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3912 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 1XDF+2QIM+2FLH+1TW0+2BK0 Resolution: 1.688→27.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: R-free / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.42 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: Hydrogen atoms were added at riding positions.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.754 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.59 Å2 / Biso mean: 27.532 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.39 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.688→27.663 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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