PDB-6awu: Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 in complex with caffeic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6awu

タイトル

Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 in complex with caffeic acid

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PROTEIN BINDING / PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN / CAFFEIC ACID

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / McBride, J. / Perdue, M. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6awu.cif.gz	249.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6awu.ent.gz	203.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6awu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6awrC 6awsC 6awtC 6awvC 6awwC 6awxC 6awyC 6awzC 6ax0C 4mapS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6awv-3 4psb-d 3c0v-2 5xr4-1 4ma6-1 2w9s-2 5wop-1 6nni-1 2g40-d 4kne-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

C: Ara h 8 allergen

D: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

68.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.919, 60.798, 186.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16842.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-DHC / CAFFEIC ACID / 3,4-DIHYDROXYCINNAMIC ACID / 3,4-ジヒドロキシけい皮酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 12614 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.129 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 597 / R_pim(I) all: 0.324 / R_rim(I) all: 0.905 / R_sym value: 0.776 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAP

4map

解像度: 3.05→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.511 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25904	626	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20888	-	-	-
obs	0.21139	11750	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.38 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.05→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4610	0	107	9	4726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	2.009	6529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.723	5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.788	26.343	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.589	15	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.522	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.838	5.094	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.692	7.639	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.256	5.39	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.774	43.296	6842
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	396	0.09
1	2	B	396	0.09
2	1	A	388	0.1
2	2	C	388	0.1
3	1	A	398	0.1
3	2	D	398	0.1
4	1	B	392	0.08
4	2	C	392	0.08
5	1	B	402	0.08
5	2	D	402	0.08
6	1	C	396	0.1
6	2	D	396	0.1

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	45	-
R_work	0.289	837	-
obs	-	-	99.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7585	0.5397	1.9969	1.9479	0.226	12.5353	-0.0051	0.7029	-0.5575	0.0851	0.022	-0.2262	1.8001	-0.1895	-0.017	0.4937	-0.1158	0.0793	0.4305	-0.2638	0.1911	27.876	9.688	12.324
2	2.2567	0.7557	-1.3388	0.7823	1.6584	13.32	-0.0695	0.729	-0.185	0.2424	0.3298	-0.2169	0.5116	0.1108	-0.2602	0.3884	0.0541	0.0003	0.5605	-0.1196	0.1697	33.3	14.081	9.293
3	5.1092	-0.1661	-0.8777	0.6017	-0.1473	8.3337	-0.1696	0.3348	0.1754	-0.0851	0.0137	-0.0958	-0.021	-0.5285	0.1559	0.0996	0.0114	-0.0268	0.0662	0.0087	0.0922	24.046	26.62	37.665
4	2.6158	0.1301	1.3348	3.2775	-0.9352	13.375	-0.0485	0.0785	0.3144	-0.1341	-0.2361	-0.0442	0.1587	0.127	0.2847	0.0086	0.0107	0.0062	0.029	0.0417	0.1328	32.518	26.634	37.564
5	4.9532	-0.6695	0.6086	2.0312	2.9501	6.2276	-0.0526	0.1157	-0.8482	0.5531	0.0931	-0.1081	0.8647	0.0456	-0.0406	0.3192	-0.0694	-0.017	0.227	-0.1582	0.3271	50.6	39.319	11.535
6	2.2637	-1.8199	0.2741	3.2776	2.1194	11.726	-0.0091	0.3864	-0.5559	0.1153	0.0877	-0.1834	0.2169	0.1289	-0.0786	0.1181	-0.0221	-0.0389	0.3774	-0.2255	0.4406	56.909	43.192	8.015
7	5.8545	1.1846	0.5102	1.3052	-0.1967	7.3685	-0.1062	-0.2962	0.1237	-0.169	0.1266	0.0426	-0.0217	-0.8755	-0.0205	0.043	0.0317	-0.0066	0.259	0.0129	0.0209	51.558	57.485	36.505
8	4.1703	0.6821	1.5633	2.7386	-0.3769	11.6199	-0.0508	-0.3253	0.0666	-0.1594	0.1567	-0.164	0.4165	0.0029	-0.1058	0.0482	0.0632	0.0339	0.2213	0.0583	0.058	60.1	55.674	37.212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	95 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	88 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	91 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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