PDB-5mjp: Multi-bunch pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One chip)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mjp

タイトル

Multi-bunch pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One chip)

要素

C-phycocyanin alpha chain
C-phycocyanin beta chain

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / Serial Crystallography / Pink beam

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Meents, A. / Oberthuer, D. / Lieske, J. / Srajer, V. / Sarrou, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Pink-beam serial crystallography.
著者: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / ...

履歴

登録	2016年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mjp.cif.gz	202.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mjp.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mjlC 5mjmC 5mjqC 5o7mC 1jboS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mjq-1 1ktp-2 1i7y-1 1jbo-1 3l0f-1 5mjm-1 4n6s-1 1gh0-1 4ziz-1 1ha7-2 1gh0-2 3brp-1 5o7m-1 5tou-d 5uvk-1 4h0m-1 4h0m-2 1phn-2 4q70-2 2uun-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.800, 187.800, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-680- HOH

#1: タンパク質	C-phycocyanin alpha chain 分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質	C-phycocyanin beta chain 分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / Mutation: N73X / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.15-1.25

検出器

タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月10日

放射

プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.15	1
2	1.25	1

反射

解像度: 2.106→14.92 Å / Num. obs: 15458 / % possible obs: 64.7 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 15.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 31.68

反射シェル

解像度: 2.12→2.22 Å / Num. unique all: 759 / Num. unique obs: 9048 / % possible all: 26.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Precognition		データ削減
Epinorm		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JBO

1jbo

解像度: 2.11→14.9 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	1508	9.85 %	Random selection
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.172	15303	65.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→14.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	129	180	2807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2698
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828	3673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.493	1599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.111-2.179	0.1952	46	0.1659	391	X-RAY DIFFRACTION	21
2.179-2.2566	0.2167	81	0.1745	675	X-RAY DIFFRACTION	36
2.2566-2.3466	0.2308	93	0.1735	886	X-RAY DIFFRACTION	46
2.3466-2.453	0.2326	114	0.1789	1065	X-RAY DIFFRACTION	56
2.453-2.5817	0.2112	141	0.1836	1243	X-RAY DIFFRACTION	66
2.5817-2.7425	0.2081	148	0.1814	1343	X-RAY DIFFRACTION	70
2.7425-2.9527	0.2315	153	0.187	1487	X-RAY DIFFRACTION	77
2.9527-3.2471	0.2259	179	0.1755	1605	X-RAY DIFFRACTION	83
3.2471-3.7106	0.1842	180	0.1579	1672	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7106-4.6512	0.1679	197	0.1467	1725	X-RAY DIFFRACTION	89
4.6512-14.8983	0.1909	176	0.1723	1703	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8908	-0.9272	0.3077	4.3608	0.6506	0.376	-0.0149	-0.1575	0.0223	-0.1107	0.0009	-0.1386	-0.0196	0.069	0.0311	0.1878	0.0173	0.0303	0.1304	0.0022	0.1797	33.7173	-1.7756	24.578
2	5.1836	6.0256	-6.8019	8.5037	-7.0312	9.4868	-0.337	0.0546	-0.0738	-0.0959	0.0886	-0.5131	0.2489	-0.1635	0.1979	0.1266	0.0185	-0.0056	0.1656	-0.0322	0.2583	38.0203	-34.397	21.945
3	2.0224	0.2817	-0.0359	2.9811	0.1614	0.7996	0.0021	-0.0314	-0.1065	-0.0401	-0.0133	-0.1009	0.0486	-0.1123	0.0099	0.1318	0.013	0.0379	0.1335	-0.0006	0.092	29.4307	-27.4409	23.5996
4	1.1674	0.5635	0.4816	0.4134	0.7349	2.021	-0.1737	0.2606	0.1531	-0.6241	0.1058	-0.5234	-0.4945	0.0748	0.057	0.2752	-0.0223	0.1103	0.1602	-0.0145	0.362	36.6421	-9.6705	12.5666
5	1.3386	-0.8591	-0.003	2.1387	-0.6279	0.5554	0.0918	0.1804	-0.0448	-0.3732	-0.1198	0.0202	0.0777	0.001	0.0351	0.2144	0.0129	0.0011	0.1514	-0.0365	0.1228	25.0887	16.1874	12.5366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 63 THROUGH 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 33 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 34 THROUGH 174 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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