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- PDB-5l88: AFAMIN ANTIBODY FRAGMENT, N14 FAB, L1- GLYCOSILATED, CRYSTAL FORM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l88
タイトルAFAMIN ANTIBODY FRAGMENT, N14 FAB, L1- GLYCOSILATED, CRYSTAL FORM I, non-parsimonious model
要素(Anti-afamin antibody N14, Fab fragment, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Afamin antibody / Fab Fragment / IgG1-kappa / light chain glycosilation
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Rupp, B. / Naschberger, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP28395-B26 オーストリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: The N14 anti-afamin antibody Fab: a rare VL1 CDR glycosylation, crystallographic re-sequencing, molecular plasticity and conservative versus enthusiastic modelling.
著者: Naschberger, A. / Furnrohr, B.G. / Lenac Rovis, T. / Malic, S. / Scheffzek, K. / Dieplinger, H. / Rupp, B.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Data collection
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32016年12月21日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Anti-afamin antibody N14, Fab fragment, heavy chain
L: Anti-afamin antibody N14, Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,20618
ポリマ－47,3452
非ポリマー2,86116
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.782, 69.249, 87.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Anti-afamin antibody N14, Fab fragment, heavy chain


分子量: 23686.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体 Anti-afamin antibody N14, Fab fragment, light chain


分子量: 23658.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C

-
糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 267分子

#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#6: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
解説: Block-shaped crystals with sharp edges (0.15 x 0.15 x 0.3 mm)
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 200nL Fab 10mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl plus 200nL 30%w/v PEG 1k, 200mM KF, pH 5.8)
Temp details: Air conditioned room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日 / 詳細: Torroidal focussing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→54.37 Å / Num. obs: 34249 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
autoPROCデータ収集
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
Cootモデル構築
WARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IL1

1il1


解像度: 1.88→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 8.297 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21145 1659 4.9 %RANDOM
Rwork0.17003 ---
obs0.17212 32346 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.77 Å2-0 Å20 Å2
2---0.54 Å2-0 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3300 0 189 252 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9824982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86537923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17324.662133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57915.043579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.755159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1025.5741782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0895.5651781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.13610.3812240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.14310.3932241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1716.8261909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1696.8261909
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.64712.0772732
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.72327.1824013
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.72227.1944014
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 122 -
Rwork0.326 2299 -
obs--96.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87540.07920.34910.1890.0530.63970.0680.0373-0.04760.1236-0.0176-0.0570.0428-0.0498-0.05030.0992-0.0208-0.04790.04560.02770.03263.99182.17722.7118
20.05940.1568-0.12331.29840.02110.61810.0336-0.02780.0222-0.01540.03780.02540.0230.086-0.07150.10240.0031-0.00640.0692-0.02720.015623.406932.121532.3033
30.04680.0532-0.05570.5421-0.00050.6540.01260.04590.01280.01380.0198-0.04810.0434-0.0309-0.03240.03830.01030.00920.0932-0.01440.03336.644411.2692.2427
40.44530.07680.20650.0433-0.06620.9680.0362-0.0062-0.02610.01640.02170.0002-0.03290.1153-0.05790.070.0202-0.00830.1159-0.02440.012229.46726.517219.2131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1L301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2L108 - 213
4X-RAY DIFFRACTION3H1 - 113
5X-RAY DIFFRACTION4H114 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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