PDB-5i1c: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-23/IGKV3-20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i1c

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GERMLINE ANTIBODY IGHV3-23/IGKV3-20

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Luo, J. / Gilliland, G.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Structural diversity in a human antibody germline library.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Muzammil, S. / Sweet, R. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.

履歴

登録	2016年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i1c.cif.gz	101.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i1c.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i15C 5i16C 5i17C 5i18C 5i19C 5i1aC 5i1dSC 5i1eC 5i1gC 5i1hC 5i1iC 5i1jC 5i1kC 5i1lC 1dn0S 4kmt C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hc0-2 6pzg-d 7k3q-d 5bvj-3 2v7n-2 4ocy-d 3eo0-1 5i8e-1 3egs-d 2v7n-4 3drt-d 4xcy-3 1rzi-1 3u0w-d 5feh-2 5ggu-2 3hi5-d 3cfj-2 3hc3-d 6amm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: FAB LIGHT CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.460, 121.460, 160.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23373.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 24154.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 3K, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M MES PH 6.5 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 32572 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 27.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 37
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 26.1 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I1D,1DN0

5i1d

1dn0

解像度: 2.25→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 5.71 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.204

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2663	1029	3.2 %	RANDOM
R_work	0.22003	-	-	-
obs	0.22147	31411	96.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0.4 Å²	-0 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3237	0	13	222	3472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.055	1.965	4521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.888	5	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.36	24.173	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.891	15	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.565	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.472	6.162	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.792	13.817	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.931	6.374	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.683		5060
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.254→2.311 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	70	-
R_work	0.29	2170	-
obs	-	-	94.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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