PDB-5hco: Endothiapepsin in complex with hydrazide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hco

タイトル

Endothiapepsin in complex with hydrazide

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hco.cif.gz	197.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hco.ent.gz	159.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hco_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hco_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	5hco_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	5hco_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5p8l-d 5r2m-d 5r1u-d 5p2a-d 5qbl-d 5mb3-d 5r20-d 5p4x-d 5re2-d 5p5e-d 5p7l-d 5p1v-d 5qbn-d 5p3n-d 5r2d-d 5p00-d 5dr3-d 5p1m-d 5p3b-d 5r2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.247, 72.936, 52.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 295分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-601 / 4-(dimethylamino)benzohydrazide / 4-(ジメチルアミノ)ベンズヒドラジド分子量: 179.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₃O
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.23 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→42.74 Å / Num. obs: 108391 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 16.78
反射シェル	解像度: 1.17→1.24 Å / 冗長度: 3.52 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.17→42.74 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1432	5420	5 %
R_work	0.1249	-	-
obs	0.1258	108387	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→42.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	44	289	2703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2583
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.216	3550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.05	853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	468

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1689-1.1822	0.2211	153	0.2133	2904	X-RAY DIFFRACTION	86
1.1822-1.1961	0.218	183	0.1851	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1961-1.2107	0.1927	181	0.1765	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2107-1.226	0.1858	180	0.1763	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.226-1.2422	0.2159	181	0.1648	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2422-1.2592	0.1689	181	0.1589	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2592-1.2772	0.1711	181	0.1586	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2772-1.2962	0.2027	180	0.1518	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2962-1.3165	0.1692	182	0.144	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3165-1.3381	0.1732	181	0.128	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3381-1.3612	0.1471	182	0.1239	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3612-1.3859	0.146	182	0.1162	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3859-1.4126	0.1483	180	0.112	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4126-1.4414	0.1418	181	0.1059	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4414-1.4727	0.1094	182	0.1016	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4727-1.507	0.1183	181	0.0989	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.507-1.5447	0.141	181	0.0987	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5447-1.5865	0.139	181	0.0957	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5865-1.6331	0.1237	182	0.0949	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6331-1.6859	0.1221	181	0.0964	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6859-1.7461	0.1383	182	0.097	3445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7461-1.816	0.1296	182	0.0971	3468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.816-1.8987	0.1139	181	0.1002	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8987-1.9988	0.1129	181	0.0983	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9988-2.124	0.1107	183	0.0977	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.288	0.1327	182	0.1029	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.288-2.5182	0.1394	183	0.1185	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5182-2.8825	0.1371	181	0.1262	3435	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8825-3.6314	0.1363	182	0.1368	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6314-42.7725	0.1688	187	0.1618	3534	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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