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- PDB-5fj0: Structure of the standard kink turn HmKt-7 as simple duplex in P4... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fj0 | ||||||
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Title | Structure of the standard kink turn HmKt-7 as simple duplex in P4222 space group | ||||||
![]() | HMKT-7 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. Authors: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 72.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 59 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5fj1C ![]() 5fj4C ![]() 5fjcC ![]() 5fk1C ![]() 5fk2C ![]() 5fk3C ![]() 5fk4C ![]() 5fk5C ![]() 5fk6C ![]() 5fkdC ![]() 5fkeC ![]() 5fkfC ![]() 5fkgC ![]() 5fkhC ![]() 4cs1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 6233.833 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: KINK TURN MOTIF, RESIDUES 1-19 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #2: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 42 % / Description: NONE |
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Crystal grow![]() | pH: 6 Details: 0.04 M MAGNESIUM CHLORIDE 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 5% V/V 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2014 / Details: TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.2→48.32 Å / Num. obs: 10187 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / Redundancy: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Redundancy: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 4CS1 Resolution: 2.2→47.692 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.692 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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