PDB-5fke: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is GU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fke

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is GU

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fke.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fke.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2C 5fk3SC 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkfC 5fkgC 5fkhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fkd-1 5fk5-1 3iqr-2 2ydh-1 4aob-1 5fk4-1 3iqp-2 3iqn-2 2ygh-1 6m4j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

33.3 kDa, 1 ポリマー
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1

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.670, 62.670, 154.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30584.338 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
配列の詳細	MUTATION A94G

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.13 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 25 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→77.21 Å / Num. obs: 8015 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 90.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.8→3.02 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FK3

5fk3

解像度: 2.8→58.071 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3058	745	5.2 %
R_work	0.2466	-	-
obs	0.2497	8015	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 176.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→58.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2031	46	0	2077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.665	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-3.0163	0.522	118	0.4561	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0163-3.3198	0.3807	165	0.3517	2655	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3198-3.8001	0.3806	130	0.2774	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8001-4.7874	0.276	176	0.2397	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7874-58.0832	0.2704	156	0.2005	2727	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0015	4.2557	-7.2866	5.5814	-5.4618	6.6586	-2.1073	-0.0288	-0.1179	-4.6248	0.5697	-1.0384	1.8379	-0.4765	0.8096	1.4738	0.0224	0.288	2.3422	0.5481	1.1489	0.3138	-13.7253	37.9318
2	3.3058	-2.4932	3.3332	8.8874	-4.1798	3.7793	-1.043	-1.4974	-0.0315	0.078	-0.0421	-0.2538	-0.8907	1.5971	1.1082	1.7643	-0.366	-0.3804	2.0347	0.3455	1.0983	-14.3773	-14.1966	35.0685
3	8.4425	-0.9576	1.3683	8.4522	-1.2373	5.2235	0.7962	-0.5064	-1.5309	-1.9639	0.7418	-0.712	1.7529	0.9078	-1.0889	1.6833	0.2398	-0.1177	2.4799	-0.4099	1.0805	-22.8588	-7.7267	21.4515
4	2.2985	1.9772	-2.799	1.9966	-6.2677	5.0723	-0.7444	1.2523	1.9094	-2.3721	1.1645	0.2882	-0.8164	-3.2339	-1.3586	3.7522	1.0911	0.1279	2.2028	0.7276	1.4756	-16.9466	8.96	11.5447
5	7.1502	0.0704	3.3524	8.1297	-2.3612	4.404	-1.7075	1.5033	1.2738	1.1642	0.684	-0.4341	-4.5458	0.5394	1.3117	3.7065	-0.3145	0.4249	2.3779	-0.1606	1.4269	-2.4543	7.9389	7.472
6	6.6937	-5.1204	2.2488	7.6713	-4.6159	2.9739	-0.9893	-0.0085	-0.2175	0.2032	0.3497	-0.314	-1.2545	0.1053	0.7477	1.7572	0.5485	-0.1746	2.2182	-0.0065	0.9445	-2.2291	-9.2087	11.9421
7	4.4267	-0.7427	-1.2264	2.6947	1.6492	1.1479	-0.5665	-0.3889	0.3142	0.4793	1.8802	-1.0335	2.1085	5.5846	0.4773	2.0136	0.7305	0.1784	3.1576	-0.0497	0.9871	-2.3526	-20.338	11.9328
8	6.0379	3.3102	-2.5887	9.4952	-5.2861	3.2668	-0.8352	-1.0716	-0.2578	-1.366	0.9553	-0.0994	0.5567	-0.2017	-0.3024	1.843	0.2135	-0.0323	1.8548	-0.0128	0.7038	-8.5309	-8.5978	3.752
9	7.1976	1.4915	3.6574	9.0458	-0.3242	2.3002	1.3827	1.8242	0.2063	-0.1197	-1.8123	0.9033	0.4502	0.3192	0.187	2.5192	0.4455	0.2516	2.0819	-0.237	1.0359	-6.3895	3.0274	9.0892
10	5.2523	-4.5963	-1.558	4.1923	0.6898	5.2351	-0.8295	-4.2119	0.3901	-0.8994	0.7991	1.8803	-2.36	0.3847	-0.1777	2.2305	0.5967	-0.1321	1.929	0.0867	1.0392	-17.2408	7.4191	22.7013
11	9.3849	-6.313	-2.0553	4.2812	1.1409	5.956	0.2568	-0.0021	-0.1477	1.8849	-1.7002	2.1309	-2.2679	-1.682	1.9841	2.2286	0.4134	0.1826	2.2856	-0.0634	0.8443	-17.4248	-0.1863	38.0158
12	6.5317	0.615	-2.8323	3.6108	2.6809	3.5969	-1.3247	-1.414	-1.2996	0.9475	1.1109	0.305	0.0833	-3.9018	0.1462	3.2709	1.1225	0.3487	3.6748	-0.3347	0.7192	-18.9865	9.3974	39.6563
13	8.1576	-1.5781	1.9494	7.7218	-1.1235	4.493	0.1955	-0.0606	0.6985	1.0081	0.742	0.7446	-1.6811	-0.8324	-1.3289	2.1292	0.2271	0.21	2.0382	0.1638	0.9229	-12.0901	0.1723	25.9672
14	4.3854	2.805	1.6114	3.8383	3.7323	4.1805	-1.7371	-1.6003	0.58	-3.749	-0.914	0.7245	-1.1683	0.0781	2.2937	2.7188	-0.1168	-0.2515	1.864	-0.1633	0.8927	-15.3698	-11.4237	16.245
15	8.878	1.7251	2.7474	8.6362	-3.9768	3.3026	0.8661	0.3117	-0.1582	0.197	-1.3792	-0.8439	2.8855	3.1534	0.1376	2.1694	0.3613	-0.241	2.0167	0.1737	0.9634	-9.292	-22.9516	17.4379
16	5.1957	-0.3131	2.4807	0.2083	0.9508	7.371	-0.7235	-1.8624	-1.4701	-0.1565	-0.378	-0.1461	2.664	-0.4887	-0.592	3.9071	0.173	-0.5541	1.9288	0.5077	-0.0477	-15.2196	-37.1362	23.5967
17	9.4789	3.8521	-0.3639	7.3788	-1.0658	0.1581	-0.1722	2.0226	-0.4	1.2216	0.3276	-0.39	3.6391	0.6275	0.2999	2.6898	0.3807	-0.2244	1.5128	-0.265	0.5493	-18.0539	-36.6136	13.4048
18	1.1361	-0.4362	-1.0852	2.9342	-0.1895	1.1729	-1.7888	0.8223	-0.9219	0.4149	0.2518	-0.1384	3.3263	1.1626	0.5778	3.111	0.4019	0.0434	1.6146	-0.5957	1.0744	-13.1766	-26.3108	27.7308
19	5.3048	1.839	-1.4295	9.1951	5.5095	9.8945	0.1548	-1.1824	-0.2022	2.8693	-0.1591	-0.3674	2.1627	-0.1655	0.2966	1.2465	-0.0588	-0.1197	1.4597	0.1019	0.5843	-7.1534	-10.8682	31.226
20	4.4709	4.1244	1.8397	4.0585	2.054	1.2564	-0.1236	0.2717	-0.9548	-0.0045	-0.5402	-0.91	-2.8079	-0.9989	0.772	1.3417	-0.485	0.0282	2.1808	0.2867	0.8357	0.6963	-7.9773	44.8832

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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