PDB-5fk6: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fk6

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CA

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fk6.cif.gz	119.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fk6.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4b5r-1 5fkf-1 2x7e-d 3cjo-d 2fky-d 2q2z-d 1q0b-d 2fl2-d 2q2y-d 2ieh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
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1

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.170, 62.170, 153.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1096- BA
2	1	A-2001- HOH

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30551.354 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A94G MUTATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 50 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→62.17 Å / Num. obs: 10933 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 79.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 2.5→57.615 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2755	1019	5.2 %
R_work	0.2135	-	-
obs	0.2167	19660	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→57.615 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2028	42	3	2073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2303
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.616	3589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.549	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5002-2.632	0.5891	124	0.4733	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.632-2.7969	0.4868	145	0.4487	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7969-3.0129	0.5157	123	0.3941	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0129-3.316	0.3364	163	0.256	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
3.316-3.7958	0.3201	136	0.211	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7958-4.7819	0.2458	178	0.1743	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7819-57.6308	0.2038	150	0.1645	2661	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1641	-5.6954	-5.1562	8.7331	5.4189	9.2859	0.4197	4.0867	0.2034	0.4057	-3.1871	0.4111	1.8934	0.6554	1.8778	1.7098	0.1082	-0.0518	1.7448	0.1555	1.0106	-13.4587	-0.7098	-0.8149
2	7.8495	-1.5812	0.8066	0.6974	1.3019	9.0975	-1.4027	-1.3104	-0.4139	0.2563	0.5066	0.1704	2.2008	0.4629	0.1422	1.5983	0.3093	0.1028	1.2512	0.2587	0.8028	-13.9964	14.1183	-3.6484
3	2.5603	0.25	2.969	9.6713	-0.2532	4.7852	-1.2578	3.1993	1.1525	0.4926	1.5994	0.5505	-1.4585	-0.2456	-0.3195	1.4895	-0.1109	-0.1733	1.6897	0.2359	0.9784	-7.4441	22.7204	-16.9264
4	5.7744	-4.9416	-2.2816	5.6324	4.3748	4.7734	-0.5686	5.7504	-0.6897	0.0162	-1.3078	-0.3291	-4.0582	-0.3381	1.2438	2.332	-0.301	0.3392	3.0419	-0.0296	1.2519	9.327	16.2052	-26.7223
5	8.6645	2.4904	2.4014	8.8829	3.8893	6.6546	2.8407	-1.9757	0.4228	-2.4152	-0.7751	-4.656	-0.228	4.1117	-1.8139	1.9456	0.1952	0.0705	2.8211	-0.7144	1.2598	8.5487	1.8157	-30.9409
6	3.9796	1.3151	-2.8875	5.3232	-1.9091	3.7026	1.3292	-0.2708	0.3128	-1.0577	-0.1664	-0.0142	0.1479	0.7179	-1.0427	1.0891	-0.2272	-0.038	1.233	-0.0126	0.808	-8.3285	2.2399	-26.2605
7	2.1698	0.8696	0.6314	8.249	-1.5408	3.4228	1.542	-0.3087	-0.9144	-0.1731	-0.4241	0.1537	3.4885	-1.8892	-1.3791	2.2237	-0.7131	-0.1129	1.483	0.0225	0.8297	-19.8863	2.5805	-26.7288
8	6.5349	-2.5861	-4.8958	6.685	-0.269	4.3468	-0.4815	2.4275	-0.5935	0.6632	-0.1088	0.3358	0.3728	0.0476	0.3442	0.9488	-0.3046	0.0117	1.2943	-0.1739	0.5545	-7.7663	7.9926	-34.8873
9	4.8777	-1.0511	0.6748	4.706	2.7731	3.9779	0.308	-1.1286	0.0474	1.0127	0.6085	-0.8366	-2.0265	2.6107	-0.7809	1.3519	-0.3194	-0.1249	1.8425	-0.1361	0.801	3.2932	6.6108	-29.846
10	7.9511	-2.4066	-5.1189	2.7572	4.2914	6.1141	-0.4887	-0.0763	0.5562	0.536	1.7579	-1.0565	-0.0077	3.3627	-0.8481	1.5176	-0.3872	-0.1108	2.06	-0.1167	0.9731	7.4328	16.965	-15.6417
11	5.9761	2.1159	-1.5675	9.657	-6.6757	4.9129	0.2609	-0.791	-0.0733	0.266	0.1814	-0.2565	-2.3785	1.5139	-0.5676	1.9376	-0.2092	-0.2722	1.582	-0.059	0.8343	-0.1082	17.4289	-0.5513
12	4.0351	2.3408	-0.0125	3.8219	2.6693	5.952	1.0955	0.1646	0.1506	1.3749	-0.6018	-1.0002	-4.1025	1.3412	-0.1593	2.8202	-0.1252	-0.4598	1.8525	-0.1001	1.1572	9.4056	19.2976	0.931
13	2.2892	3.4987	-2.3279	8.5645	0.9921	7.7503	-0.4747	0.9413	-0.4899	1.429	0.6616	-0.9658	1.2823	1.4913	-1.1869	1.5201	-0.0484	-0.0781	1.4308	-0.2185	0.8423	0.3659	11.9987	-12.5639
14	5.0895	1.9893	3.5829	6.8873	1.2606	2.5724	0.9109	-0.0371	-0.2193	0.3666	-0.7175	-0.0069	0.7625	1.5158	0.6128	0.9178	0.0373	-0.1562	1.191	0.1019	0.7093	-11.2244	15.5364	-22.4607
15	7.9143	-1.3175	-3.8606	5.3219	-0.8703	3.0001	0.9355	0.1462	-0.7948	1.3189	-0.9293	0.3257	2.8021	-1.6633	-0.4308	1.2584	-0.3157	-0.0503	1.4815	0.2255	0.661	-22.3693	9.4627	-21.2329
16	2.122	1.2438	6.0173	4.1229	-3.5844	2.0659	-1.3902	-0.0375	-0.2198	0.2744	0.0813	0.2069	-0.3181	-3.0095	-0.152	1.3726	-0.1767	0.0055	3.3435	0.0199	0.9241	-36.7159	15.1869	-15.0428
17	8.5328	-1.623	0.907	7.1277	1.8051	0.3618	-0.6729	-0.977	0.7255	-0.7543	0.6864	0.6353	0.6828	-1.7702	-0.0417	1.297	-0.2439	-0.2917	2.4664	0.0169	0.8188	-36.0721	18.2592	-25.1266
18	3.5188	-3.3586	1.184	4.1917	-2.8828	7.4716	-0.2572	-0.862	-0.3132	-1.6621	0.6581	1.6492	0.599	-1.787	-0.2224	1.2662	-0.2114	-0.0903	1.5792	0.029	1.017	-25.9726	13.1206	-10.8017
19	3.496	1.4121	4.4843	5.4454	0.5898	6.4489	0.8122	-1.4189	-1.0247	1.5099	-0.0413	-0.2521	1.026	-0.9486	-0.3381	1.2381	0.1344	-0.0341	0.9992	0.1411	0.7072	-10.5994	6.9827	-7.5858
20	3.4064	-3.9624	-0.5491	5.7131	0.5004	0.0835	0.0197	0.0241	-1.2991	2.8329	-0.9028	0.3362	-0.7114	0.477	0.6464	2.0048	0.2308	0.1107	1.2296	0.114	0.9829	-7.9169	-1.047	6.0762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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