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- PDB-2q2z: Crystal Structure of KSP in Complex with Inhibitor 22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2z
タイトルCrystal Structure of KSP in Complex with Inhibitor 22
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードCELL CYCLE / KSP / KSP-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / spindle / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-MKK / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yan, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Kinesin spindle protein (KSP) inhibitors. Part 8: Design and synthesis of 1,4-diaryl-4,5-dihydropyrazoles as potent inhibitors of the mitotic kinesin KSP.
著者: Roecker, A.J. / Coleman, P.J. / Mercer, S.P. / Schreier, J.D. / Buser, C.A. / Walsh, E.S. / Hamilton, K. / Lobell, R.B. / Tao, W. / Diehl, R.E. / South, V.J. / Davide, J.P. / Kohl, N.E. / ...著者: Roecker, A.J. / Coleman, P.J. / Mercer, S.P. / Schreier, J.D. / Buser, C.A. / Walsh, E.S. / Hamilton, K. / Lobell, R.B. / Tao, W. / Diehl, R.E. / South, V.J. / Davide, J.P. / Kohl, N.E. / Yan, Y. / Kuo, L.C. / Li, C. / Fernandez-Metzler, C. / Mahan, E.A. / Prueksaritanont, T. / Hartman, G.D.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6818
ポリマ－81,8492
非ポリマー1,8326
水2,774154
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8404
ポリマ－40,9241
非ポリマー9163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8404
ポリマ－40,9241
非ポリマー9163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.200, 79.450, 160.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This motor domain is a part of a multi-domain protein that forms a tetramer. There are two monomers in an asymetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor- ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor-interacting protein 5 / TRIP-5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 40924.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11, EG5, KNSL1, TRIP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DZ3 / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MKK / 1-[(4R)-4-[3-(4-ACETYLPIPERAZIN-1-YL)PROPYL]-1-(2-FLUORO-5-METHYLPHENYL)-4-PHENYL-4,5-DIHYDRO-1H-PYRAZOL-3-YL]ETHANONE


分子量: 464.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33FN4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350, Potassium Phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月4日 / 詳細: VariMax-CuHR Max-Flux confocal optical system
放射モノクロメーター: VariMax-CuHR Max-Flux confocal optical system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35.6 Å / Num. all: 18314 / Num. obs: 17087 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 62.892 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1789 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT1.9.2精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3→35.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2904 879 5.14 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1935 17087 92.81 %-
all-18410 --
原子変位パラメータBiso mean: 47.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.34979492 Å20 Å20 Å2
2--4.77175543 Å20 Å2
3---2.57803948 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5188 0 124 154 5466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00853982
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.14272942
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d27.9512160
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0081662
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0127825
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.649540020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0532225
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3516 142 5.02 %
Rwork0.1741 2687 -
all18.35 2829 -
obs--92.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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