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Yorodumi- PDB-5fkd: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fkd | ||||||
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Title | SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UA | ||||||
Components | SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
Keywords | RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
Function / homology | : / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2016 Title: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. Authors: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fkd.cif.gz | 118.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fkd.ent.gz | 95.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fkd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fkd_validation.pdf.gz | 835.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5fkd_full_validation.pdf.gz | 838.8 KB | Display | |
Data in XML | 5fkd_validation.xml.gz | 5.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5fkd_validation.cif.gz | 7.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2C 5fk3SC 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 30568.338 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (bacteria) | ||
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#2: Chemical | ChemComp-SAM / | ||
#3: Chemical | ChemComp-BA / #4: Chemical | ChemComp-K / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.17 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 30 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 |
Detector | Type: DECTRIS PIXEL / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→61.77 Å / Num. obs: 6437 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / Redundancy: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 81.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 5FK3 Resolution: 3→57.326 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 121.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→57.326 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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