PDB-5fkg: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fkg

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CG

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fkg.cif.gz	119.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fkg.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2C 5fk3SC 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gx3-d 3gx6-d 3gx7-d 3iqr-d 2gis-d 5fk1-d 3gx2-d 4aob-d 5fkh-d 3iqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.252, 61.252, 155.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1105- BA

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30584.338 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN (1-94) / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.95 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 15 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 8 % (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→61.25 Å / Num. obs: 6751 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 75.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FK3

5fk3

解像度: 2.95→57.013 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2987	641	5.4 %
R_work	0.2337	-	-
obs	0.2371	6751	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→57.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2031	46	0	2077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.032	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9502-3.1779	0.4252	137	0.3701	2258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1779-3.4977	0.3163	103	0.2939	2269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4977-4.0037	0.2818	122	0.2325	2260	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0037-5.0438	0.2883	145	0.2101	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0438-57.0234	0.2796	134	0.2017	2255	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8426	2.6678	-2.7006	3.3793	-1.9777	7.0903	-1.1305	0.7342	0.318	-2.0513	0.6683	0.2359	-0.2048	0.7399	0.5083	1.4078	-0.5106	-0.1682	0.7667	-0.0938	0.5748	0.6194	-13.5164	38.4212
2	1.999	-1.2093	1.0402	4.2161	0.928	7.1564	-0.013	-0.9163	-0.8533	-0.1302	-0.5982	0.7221	0.6341	0.3208	0.1823	0.9862	-0.8643	-0.4009	1.7809	-0.1918	0.2414	-14.1275	-14.1936	35.3095
3	7.6483	0.6438	-1.8604	6.7002	1.1213	4.8757	1.3846	0.5961	-0.537	-0.6555	-0.1759	0.0798	2.4385	-0.5886	-0.9878	1.3865	0.1418	-0.3933	1.5293	-0.1361	0.693	-21.5226	-7.4487	21.3208
4	3.6076	-0.5641	4.4003	4.0255	1.0759	7.1048	-0.3154	0.5126	1.0402	-0.7973	-1.0212	-0.5429	-0.253	-0.8684	1.453	3.1101	0.6317	-0.2795	2.4915	0.624	0.8712	-14.6253	8.9477	11.3031
5	4.3175	1.967	-0.7634	5.5825	-0.6744	5.3513	0.1762	-0.0996	1.4544	0.6808	0.3003	0.5801	-3.4687	0.0895	-0.3328	3.7069	-0.1515	0.3499	1.1419	-0.1603	0.8544	-0.8057	7.5213	8.172
6	8.9506	2.3155	0.7579	5.1021	3.6655	2.74	-0.8725	0.223	0.1124	-1.3762	0.7034	-0.3437	-0.9116	1.1252	-0.0083	1.259	0.3095	-0.1052	1.3217	-0.5137	1.0247	-1.7233	-8.979	13.6754
7	1.5362	0.1953	1.6813	0.0318	0.1846	1.894	0.3926	0.7948	-0.2551	-0.2976	0.5075	-0.777	0.0797	0.6073	-0.1915	1.2733	0.344	0.157	1.963	-0.648	1.2125	-1.161	-20.1176	13.2622
8	0.1239	-0.0159	0.0761	0.186	-0.0085	0.2185	-0.158	0.4008	0.0346	-0.1897	0.1192	-0.5978	0.1599	0.315	-0.1625	1.7108	-0.094	0.4587	1.4472	-0.3626	0.6457	-7.1051	-8.7689	4.5532
9	8.7693	-0.751	1.2525	5.1454	-1.2033	0.6854	0.3613	-0.1588	-0.2025	-1.3037	-0.0813	0.4807	-0.3122	-0.0358	-0.0517	1.8603	0.1722	-0.062	1.3746	-0.3144	0.7822	-4.6743	2.9175	9.6126
10	5.8084	2.5389	-3.6968	5.92	-1.7524	6.8562	-0.057	-0.9564	0.9383	-1.2648	-0.0421	0.3227	-1.6752	0.4657	-0.0863	1.5014	0.5562	-0.0775	1.3143	-0.2545	0.6879	-15.7948	7.3055	22.715
11	2.919	-0.4824	-1.426	5.7513	0.9947	2.4758	-0.145	-0.2894	0.1215	0.8402	0.099	0.0552	0.1082	0.1639	0.0545	0.7667	0.1482	0.0282	1.812	-0.3385	0.5572	-17.1655	0.026	37.9956
12	3.1858	-2.2121	-3.3641	2.9076	2.4789	3.572	-0.3556	0.1315	-0.099	0.7298	0.2547	0.7125	-0.3573	-1.4812	0.1205	1.3338	0.1469	0.1561	2.1331	-0.363	0.7615	-18.8027	9.7582	39.8392
13	6.1643	0.6933	-0.3263	8.4441	1.5993	0.764	-0.168	-0.4301	0.3575	-0.2804	0.1234	-0.1215	0.2344	0.9217	0.3213	1.2078	0.0094	0.1683	1.2366	-0.1292	0.4649	-11.1182	0.11	26.4609
14	3.343	1.5362	-0.8657	2.0342	-0.0657	2.5273	-0.3181	-0.3617	-0.2331	-0.2686	-0.4348	0.6142	-0.0584	-0.2807	0.5788	1.6358	-0.5152	-0.1409	1.4089	-0.3286	0.1328	-14.6159	-11.574	16.4277
15	5.411	-2.7319	-0.3937	3.8469	1.1839	0.506	0.5343	-0.2119	-0.1989	0.434	0.3759	-0.7867	2.1233	1.2668	-0.9081	1.6284	0.1914	-0.3027	1.3832	-0.2143	0.5442	-8.2232	-22.7966	18.2109
16	1.6234	-0.1622	1.6817	0.6136	-1.2082	5.1181	-0.208	-0.1933	0.0325	0.085	-0.7402	-0.2727	0.3603	0.9412	-0.155	3.3158	0.0457	-0.8533	0.9812	0.7231	-0.196	-14.5632	-37.0142	23.5821
17	0.9609	0.3641	-0.4417	0.7486	0.0812	0.2787	0.887	-0.1377	-0.1418	0.5089	0.046	-0.1912	0.6284	0.4544	-0.0409	2.1017	0.3249	-0.5102	0.7625	0.0028	0.442	-17.3136	-36.1936	13.2892
18	4.5226	2.0282	-0.5635	5.608	0.3468	2.2997	-0.0461	-0.1416	0.145	-0.0287	0.1035	0.091	0.5373	-0.3234	-0.0134	2.3452	0.2167	-0.4028	0.7466	-0.1698	0.7629	-12.7353	-26.4669	28.2454
19	2.2268	-1.4968	0.4091	2.7971	-3.2364	7.5258	1.1657	0.3813	-0.541	-0.13	-0.684	0.0719	2.1351	-0.0099	-0.5441	1.0011	-0.0485	-0.1205	0.9196	-0.064	0.4301	-6.798	-10.9989	31.6818
20	4.6672	-3.0591	4.346	5.1719	-2.236	5.6779	-0.9185	0.8446	0.1125	0.2457	-0.4097	-0.9906	-0.7251	0.5459	0.8999	0.7398	-0.2858	-0.0625	0.973	0.0337	0.6395	0.6716	-8.2406	45.2006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)