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Yorodumi- PDB-5fk3: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CC -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fk3 | ||||||
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Title | SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CC | ||||||
Components | SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
Keywords | RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
Function / homology | : / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2016 Title: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. Authors: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fk3.cif.gz | 120 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fk3.ent.gz | 97 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fk3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fk3_validation.pdf.gz | 824.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5fk3_full_validation.pdf.gz | 826.3 KB | Display | |
Data in XML | 5fk3_validation.xml.gz | 5.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5fk3_validation.cif.gz | 7.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2SC 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 30543.330 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (bacteria) | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SAM / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-BA / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.45 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 10 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9794 |
Detector | Type: DECTRIS PIXEL / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→76.89 Å / Num. obs: 11159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / Redundancy: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 71.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: WWPDB ENTRY 5FK2 Resolution: 2.5→57.711 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→57.711 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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