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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fjc | ||||||
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Title | SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant C-2bU | ||||||
![]() | SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
![]() | RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
Function / homology | : / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. Authors: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 780.4 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5fj0C ![]() 5fj1C ![]() 5fj4C ![]() 5fk1C ![]() 5fk2C ![]() 5fk3C ![]() 5fk4C ![]() 5fk5C ![]() 5fk6C ![]() 5fkdC ![]() 5fkeC ![]() 5fkfC ![]() 5fkgC ![]() 5fkhC ![]() 4b5rS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-RNA chain , 1 types, 1 molecules A
#1: RNA chain | Mass: 30768.320 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SAM BINDING DOMAIN / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 212 molecules ![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/BA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SAM / | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-BA / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NA / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | MUTATION [A94G, C22U] |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.92 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 7 Details: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 40 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2015 / Details: TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.71→41.13 Å / Num. obs: 31465 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 32.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.77 Å / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4B5R Resolution: 1.71→41.134 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→41.134 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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