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- PDB-5fk1: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UG -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fk1 | ||||||
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Title | SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UG | ||||||
![]() | SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
![]() | RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH | ||||||
Function / homology | : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. Authors: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 119.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 96.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 844.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.6 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5fj0C ![]() 5fj1C ![]() 5fj4C ![]() 5fjcSC ![]() 5fk2C ![]() 5fk3C ![]() 5fk4C ![]() 5fk5C ![]() 5fk6C ![]() 5fkdC ![]() 5fkeC ![]() 5fkfC ![]() 5fkgC ![]() 5fkhC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 30584.338 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SAM / | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-BA / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | MUTATION A94G | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.27 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 50 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 10% (V/V) MPD. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PIXEL / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→77.36 Å / Num. obs: 11293 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 71.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 5FJC Resolution: 2.5→58.015 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / Phase error: 40.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 116.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→58.015 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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