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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fj0 | ||||||
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タイトル | Structure of the standard kink turn HmKt-7 as simple duplex in P4222 space group | ||||||
要素 | HMKT-7 | ||||||
キーワード | RNA (リボ核酸) / KINK TURN / RNA MOTIF | ||||||
機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function. 著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fj0.cif.gz | 72.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fj0.ent.gz | 59 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC 4cs1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6233.833 Da / 分子数: 3 / 断片: KINK TURN MOTIF, RESIDUES 1-19 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 0.04 M MAGNESIUM CHLORIDE 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 5% V/V 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月25日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→48.32 Å / Num. obs: 10187 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4CS1 解像度: 2.2→47.692 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.692 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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