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- PDB-5eix: QUINOLONE-STABILIZED CLEAVAGE COMPLEX OF TOPOISOMERASE IV FROM KL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eix
タイトルQUINOLONE-STABILIZED CLEAVAGE COMPLEX OF TOPOISOMERASE IV FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE
要素
  • (SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)) x 2
  • DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
キーワードISOMERASE/DNA / KLEBSIELLA PNEUMONIAE / CLEAVAGE COMPLEX / QUINOLONE / LEVOFLOXACIN / TOPOISOMERASE IV / DNA BINDING / ISOMERASE / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily ...DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LFX / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Veselkov, D.A. / Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Branstrom, A. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K010069/1 英国
PTC funding 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / : 2016
タイトル: Structure of a quinolone-stabilized cleavage complex of topoisomerase IV from Klebsiella pneumoniae and comparison with a related Streptococcus pneumoniae complex.
著者: Veselkov, D.A. / Laponogov, I. / Pan, X.S. / Selvarajah, J. / Skamrova, G.B. / Branstrom, A. / Narasimhan, J. / Prasad, J.V. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2015年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
E: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
F: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
B: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
C: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
D: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
G: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
H: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
I: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
J: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
K: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
L: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,65324
ポリマ-360,01312
非ポリマー1,64012
00
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
E: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
F: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
G: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
H: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
I: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,82612
ポリマ-180,0066
非ポリマー8206
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13950 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area60330 Å2
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
C: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
D: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
J: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
K: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
L: SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,82612
ポリマ-180,0066
非ポリマー8206
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13650 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area60820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.070, 161.530, 138.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit B / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 83915.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / : ATCC 35657 / 遺伝子: parC, KPR_4469, SL72_02036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4YHS8, UniProt: R4YE07, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖
SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)


分子量: 2432.614 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYMMETRISED E-SITE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
SYMMETRISED E-SITE (PRE-CUT)


分子量: 3655.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYMMETRISED E-SITE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 化合物
ChemComp-LFX / (3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid / Levofloxacin / レボフロキサシン


分子量: 361.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C18H20FN3O4 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
配列の詳細THE SEQUENCES FOR BOTH PARC AND PARE SUBUNITS IN THIS STRUCTURE ARE FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE ...THE SEQUENCES FOR BOTH PARC AND PARE SUBUNITS IN THIS STRUCTURE ARE FROM KLEBSIELLA PNEUMONIAE STRAIN ATCC 35657. THE SUBUNITS ARE CONNECTED BY A TWO RESIDUE LINKER EF. A SIX RESIDUE HIS TAG IS IN THE C-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS PH 7.5-8.0, 0-50 MM NACL, 4-8% PEG4000 AND 12-15% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 7.5 / Temp details: Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月20日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→86.12 Å / Num. obs: 63406 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.54 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 2.8219
反射 シェル解像度: 3.35→3.53 Å / 冗長度: 2.59 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→85.01 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3208 5.06 %Random selection
Rwork0.224 ---
obs0.226 63366 98.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→85.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18741 1608 112 0 20461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61128999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6457103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.40.35371420.2992615X-RAY DIFFRACTION98
3.4-3.45310.32751310.29312596X-RAY DIFFRACTION98
3.4531-3.50980.36221470.27562621X-RAY DIFFRACTION98
3.5098-3.57030.32571260.26522582X-RAY DIFFRACTION98
3.5703-3.63520.28661430.25652613X-RAY DIFFRACTION99
3.6352-3.70510.29971300.24492584X-RAY DIFFRACTION98
3.7051-3.78070.27811490.23992647X-RAY DIFFRACTION99
3.7807-3.8630.2671580.23132601X-RAY DIFFRACTION99
3.863-3.95280.29771380.22072612X-RAY DIFFRACTION99
3.9528-4.05170.23321370.21832639X-RAY DIFFRACTION99
4.0517-4.16120.26761230.20912614X-RAY DIFFRACTION99
4.1612-4.28370.21731330.21252631X-RAY DIFFRACTION99
4.2837-4.42190.24611420.19422619X-RAY DIFFRACTION99
4.4219-4.57990.22451330.18972602X-RAY DIFFRACTION98
4.5799-4.76330.22491440.19452628X-RAY DIFFRACTION99
4.7633-4.98010.22291290.19992618X-RAY DIFFRACTION99
4.9801-5.24260.28591470.22112629X-RAY DIFFRACTION99
5.2426-5.5710.2731590.24122612X-RAY DIFFRACTION98
5.571-6.0010.29191460.25062618X-RAY DIFFRACTION98
6.001-6.60470.26741310.25222612X-RAY DIFFRACTION98
6.6047-7.55990.27341450.23042596X-RAY DIFFRACTION98
7.5599-9.52270.21071380.18492619X-RAY DIFFRACTION97
9.5227-85.03370.20211370.21292650X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36360.0626-0.05880.016-0.00450.0798-0.1137-0.1474-0.2044-0.1174-0.1634-0.47330.2805-0.0945-0.03480.56760.05960.01670.2278-0.03720.3159204.557359.133911.5336
20.31650.25640.40380.60260.46280.5570.2589-0.02040.2440.00270.1038-0.0229-0.01920.14520.35970.3725-0.10930.19660.6250.08620.2487222.246947.6429-17.5733
30.48540.15480.27540.06110.08550.1584-0.0823-0.03590.17630.2631-0.062-0.1482-0.39010.0229-0.04570.8217-0.05010.12170.22930.0460.2757214.728557.9272-10.6794
40.3649-0.08480.25940.0877-0.08730.1970.1103-0.16130.03880.1050.00690.0295-0.0826-0.02760.0460.36180.02090.13570.1312-0.08470.2409216.867541.342-3.8788
50.3745-0.0988-0.15990.1739-0.16250.3335-0.1266-0.0329-0.1119-0.1171-0.00390.0036-0.1108-0.15550.00870.3509-0.01520.11270.2136-0.09760.3106208.765526.02567.3479
60.09970.05730.13820.13530.1080.17280.0038-0.1759-0.01030.05240.01120.16370.0954-0.25770.00680.2626-0.03920.11830.2737-0.08240.3328213.07732.8301-22.4817
70.02630.05660.01030.0730.04870.12480.12010.1245-0.0498-0.02820.0055-0.1051-0.34420.1279-0.00860.23410.00780.07580.2742-0.06080.3307227.728228.926726.0574
80.46440.07760.17440.9932-0.71960.64670.0355-0.08170.36150.23580.14240.1884-0.444-0.21860.09420.5460.10060.06450.16740.08050.3214215.936736.963652.9424
90.0060.01560.00570.07050.02020.00870.0552-0.1008-0.02930.21070.1020.15270.1344-0.0210.00420.27870.14240.00420.37260.0320.4229227.522623.04839.8328
100.0425-0.04250.00990.036-0.01170.00720.0318-0.0955-0.3848-0.0802-0.11850.1210.1961-0.12910.00280.3522-0.00340.01870.5276-0.06710.3491228.687613.470610.1429
110.14860.0916-0.09910.4490.37170.57780.23810.39860.3586-0.4961-0.37080.2705-0.5626-0.4241-0.04630.78540.2790.0340.61870.08240.3168199.595454.7402-14.7673
120.29540.0237-0.17450.0009-0.03330.3649-0.1820.095-0.2629-0.29010.1133-0.29840.08250.2755-1.60360.21840.09310.28070.0009-0.5912-0.0201228.652120.5283-3.2193
130.0435-0.0062-0.0068-0.0007-0.00490.1104-0.0943-0.0910.34460.1788-0.04470.22730.00520.22360.00010.5664-0.0231-0.13880.25620.01160.4596157.4922-43.788674.7705
140.2577-0.0666-0.28250.02690.07530.3056-0.11290.08620.0249-0.0013-0.01830.00640.0788-0.1172-0.08910.3575-0.2684-0.1610.58650.39790.767124.0471-31.575281.0358
150.18950.1305-0.01420.29530.13490.1038-0.0056-0.0243-0.26420.0712-0.0301-0.08190.10560.0219-0.00480.4783-0.257-0.16080.45320.23720.8241132.3752-41.847476.5366
160.0035-0.0057-0.00810.00840.01460.0281-0.07030.0183-0.0407-0.0566-0.0081-0.08960.02340.0402-0.02970.2432-0.2208-0.08590.1890.24810.5855138.9017-25.668480.7302
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52X-RAY DIFFRACTION52(CHAIN K AND RESID 8:15 ) OR (CHAIN L AND (RESID 1:12 OR RESID 102:103 ) )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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