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- PDB-5drw: Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #4 case CLL183 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5drw
タイトルCrystal structure of the BCR Fab fragment from subset #4 case CLL183
要素
  • CLL183 BCR antibody heavy chain
  • CLL183 BCR antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / B-cell receptor / chronic lymphocytic leukemia / Receptor-ligand complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
Model detailsAutologous recognition by CLL-derived BCRs
データ登録者Minici, C. / Degano, M.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
AIRC5xMille イタリア
Fondazione Intesa San Paolo Onlus イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Distinct homotypic B-cell receptor interactions shape the outcome of chronic lymphocytic leukaemia.
著者: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / ...著者: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / Stamatopoulos, K. / Ghia, P. / Degano, M.
履歴
登録2015年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLL183 BCR antibody heavy chain
B: CLL183 BCR antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3062
ポリマ－48,3062
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.210, 90.210, 131.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 CLL183 BCR antibody heavy chain


分子量: 24249.070 Da / 分子数: 1
断片: Heavy chain variable (VH) and constant (CH1) domains
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chronic lymphocytic leukemia clone / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B lymphocyte / 遺伝子: IGHV4-34, IGHJ6, IGHG1*03 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 CLL183 BCR antibody light chain


分子量: 24056.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chronic lymphocytic leukemia clone / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B lymphocyte / 遺伝子: IGKV2-30, IGKJ2, IGKC*01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M NaCitrate, 0.1 M ammonium sulfate, 1% hexanediol, 14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月7日
放射モノクロメーター: SI[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→42.66 Å / Num. obs: 25817 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.27→2.34 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.205 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DN0

1dn0


解像度: 2.27→42.66 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 1319 5.12 %Random selection
Rwork0.195 24447 --
obs0.1973 25766 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.63 Å2 / Biso mean: 59.6517 Å2 / Biso min: 25.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→42.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 0 0 90 3442
Biso mean---46.7 -
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0364683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9761228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.268-2.35880.331330.283726562789
2.3588-2.46610.29571690.253226392808
2.4661-2.59610.26481390.236726742813
2.5961-2.75880.29811340.232126932827
2.7588-2.97170.30091460.236626892835
2.9717-3.27070.30021570.218926882845
3.2707-3.74370.24251360.20927292865
3.7437-4.71570.19181550.154727652920
4.7157-42.66310.20491500.161529143064
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.35396.9807-5.69456.0597-5.88416.52490.696-0.92470.10761.09-0.6624-0.7348-0.9114-0.12380.10390.44960.07340.04710.3572-0.00460.45848.276834.11229.4725
23.63212.45060.6866.388-1.4931.04830.10970.11440.53470.1621-0.02920.2566-0.3132-0.193-0.04920.3890.09190.06830.39260.02630.29645.506131.538822.5597
33.6713-0.9084-0.15015.22791.04273.8318-0.39270.20010.2267-0.18370.263-0.326-0.1255-0.5338-0.1130.33610.00670.07950.35090.07790.4019.201926.413716.8748
42.80991.6704-1.18161.5643-1.07052.3258-0.13930.17570.1974-0.02560.1920.1698-0.1378-0.32-0.05630.34290.04790.00250.36720.06730.30098.438529.285419.4044
53.5424-0.9819-0.8082.5596-0.04523.0048-0.3877-1.2655-1.07670.51590.1021-0.2580.32990.61690.01980.53460.15530.02980.77850.31280.466812.21999.196451.103
64.2471-0.53914.6760.0777-0.62025.2009-0.8327-2.1628-0.50330.60130.2887-0.04790.30380.4310.13470.6860.29520.08971.01740.32430.36675.39412.503555.7028
79.41530.80923.79652.39770.41755.3923-0.2228-0.5852-1.13890.26630.1162-0.05690.30750.36080.00840.43190.15690.15370.40990.13890.565230.723215.987421.7572
83.43660.1525-1.93743.1297-1.61734.8068-0.14360.043-0.1345-0.2478-0.1879-0.2801-0.04010.50910.35190.304-0.05370.09570.27980.03670.322825.396827.832516.9256
93.1373-1.4741.32362.3822-0.0123.8419-0.38490.05230.0168-0.03130.2757-0.5223-0.1030.66660.06650.3701-0.01050.08810.50340.11220.473834.093725.945419.6797
108.1691-0.46454.77811.501-0.76663.351-0.4202-0.5424-0.56980.02930.3181-0.1591-0.85740.26180.08860.47460.02730.1510.43690.08950.400826.355323.84122.4892
115.1579-2.5574.87023.4509-3.30164.9467-0.22390.29230.0033-0.1671-0.2908-0.43250.7570.45250.28040.51580.10570.14990.39130.0550.506622.253718.589621.6084
128.17140.3728-2.23013.4403-1.50013.7522-0.5866-0.5854-2.22530.1519-0.28430.48720.91260.5530.64160.6660.21120.19440.6320.28241.045419.85860.818345.7296
135.53571.10010.70670.29770.76854.85830.61990.32560.2561-0.3618-0.68090.25860.66850.2870.08060.9917-0.05750.2680.6103-0.07191.198415.1488-9.540939.2437
145.95663.1246-0.68088.3081-1.95477.5189-0.76720.5066-0.27970.50660.60070.0711-0.17640.66860.17120.37450.13330.07590.53960.14790.586124.566310.058241.8637
155.54211.8168-1.86071.1503-2.26365.60730.18350.54530.38841.11780.0471.89620.9406-1.2333-0.38821.0431-0.20120.28650.54470.12771.83136.531-10.838245.7869
163.34650.69850.67260.28990.54051.18530.3964-0.0227-1.0515-0.1485-0.7714-1.21190.27330.06830.36061.1220.30990.46710.52290.22331.621423.8032-8.310145.4203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:11)A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 12:38)A12 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 39:58)A39 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 59:127)A59 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 128:208)A128 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 209:226)A209 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:24)B1 - 24
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 25:60)B25 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 61:81)B61 - 81
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 82:99)B82 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 100:112)B100 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 113:151)B113 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 152:166)B152 - 166
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 167:183)B167 - 183
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 184:196)B184 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 197:217)B197 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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