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Yorodumi- PDB-5drx: Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #4 case CLL240 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5drx | |||||||||
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Title | Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #4 case CLL240 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / B cell receptor / chronic lymphocytic leukemia / Receptor-ligand complex | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.104 Å | |||||||||
Authors | Minici, C. / Degano, M. | |||||||||
Funding support | Italy, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Distinct homotypic B-cell receptor interactions shape the outcome of chronic lymphocytic leukaemia. Authors: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / ...Authors: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / Stamatopoulos, K. / Ghia, P. / Degano, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5drx.cif.gz | 369.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5drx.ent.gz | 303.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5drx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5drx_validation.pdf.gz | 463.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5drx_full_validation.pdf.gz | 468.1 KB | Display | |
Data in XML | 5drx_validation.xml.gz | 39.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5drx_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5drx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5drx | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24563.494 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chronic lymphocytic leukemia clone / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: B lymphocyte / Gene: IGHV4-34, IGHJ6, IGHG1*03 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Antibody | Mass: 24346.057 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chronic lymphocytic leukemia clone / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: B lymphocyte / Gene: IGKV2-30, IGKJ2, IGKC*01 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 / Details: 0.2 M BisTris, 8% (w/v) PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9726 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI[111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9726 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 63033 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.28 % / Biso Wilson estimate: 44.67 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 12.34 / Num. measured all: 837112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: CLL183 Fab fragment Resolution: 2.104→46.163 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 24.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.65 Å2 / Biso mean: 47.3515 Å2 / Biso min: 17.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.104→46.163 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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