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Yorodumi- PDB-5drw: Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #4 case CLL183 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5drw | |||||||||
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Title | Crystal structure of the BCR Fab fragment from subset #4 case CLL183 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / B-cell receptor / chronic lymphocytic leukemia / Receptor-ligand complex | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.27 Å | |||||||||
Model details | Autologous recognition by CLL-derived BCRs | |||||||||
Authors | Minici, C. / Degano, M. | |||||||||
Funding support | Italy, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Distinct homotypic B-cell receptor interactions shape the outcome of chronic lymphocytic leukaemia. Authors: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / ...Authors: Minici, C. / Gounari, M. / Ubelhart, R. / Scarfo, L. / Duhren-von Minden, M. / Schneider, D. / Tasdogan, A. / Alkhatib, A. / Agathangelidis, A. / Ntoufa, S. / Chiorazzi, N. / Jumaa, H. / Stamatopoulos, K. / Ghia, P. / Degano, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5drw.cif.gz | 186.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5drw.ent.gz | 148.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5drw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5drw_validation.pdf.gz | 434.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5drw_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | Display | |
Data in XML | 5drw_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5drw_validation.cif.gz | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5drw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5drw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5drxC 5ifhC 1dn0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24249.070 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: Heavy chain variable (VH) and constant (CH1) domains Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chronic lymphocytic leukemia clone / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: B lymphocyte / Gene: IGHV4-34, IGHJ6, IGHG1*03 / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Antibody | Mass: 24056.748 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chronic lymphocytic leukemia clone / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: B lymphocyte / Gene: IGKV2-30, IGKJ2, IGKC*01 / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 Details: 0.1 M NaCitrate, 0.1 M ammonium sulfate, 1% hexanediol, 14% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2013 |
Radiation | Monochromator: SI[111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.27→42.66 Å / Num. obs: 25817 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.27→2.34 Å / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.205 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DN0 Resolution: 2.27→42.66 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 145.63 Å2 / Biso mean: 59.6517 Å2 / Biso min: 25.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.27→42.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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