PDB-4y5b: Endothiapepsin in complex with fragment 261

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y5b

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 261

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
著者: Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y5b.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y5b.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y5b_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y5b_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4y5b_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	4y5b_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y3aC 4y3hC 4y3lC 4y3tC 4y58C 4y5aC 4y5cC 4y5eC 4y5gC 4y5kC 3pcwS 3pgi 4y35 4y36 4y37 4y38 4y39 4y3d 4y3f 4y3g 4y3j 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3w 4y3x 4y3y 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y48 4y4a 4y4b 4y4d 4y4e 4y4g 4y4j 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5rdv-d 4y47-d 3pi0-d 5p6j-d 5dr3-d 5p0e-d 5p28-d 5p7j-d 4y5g-d 5p1w-d 5p6p-d 5p4h-d 5r3l-d 5j25-d 5r2c-d 5p43-d 5dr4-d 5r2a-d 4y3h-d 5r41-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.404, 73.090, 52.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-47P / 2-({[(1S)-1-cyclopropylethyl](methyl)amino}methyl)quinazolin-4(3H)-one 分子量: 257.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉N₃O
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→42.804 Å / Num. obs: 91683 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 16.66
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.24→28.135 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1445	4585	5 %	Random selection
R_work	0.121	-	-	-
obs	0.1222	91681	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→28.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	69	264	2707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.207	3579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.212	878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	503

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.238-1.2521	0.2194	141	0.1953	2672	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2521-1.2668	0.2037	154	0.1883	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2668-1.2823	0.2212	151	0.1831	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2823-1.2985	0.1909	154	0.1735	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2985-1.3156	0.1825	150	0.1629	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3156-1.3336	0.1912	154	0.1584	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3336-1.3526	0.2159	154	0.1548	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3526-1.3728	0.1829	150	0.1632	2850	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3728-1.3943	0.1794	152	0.144	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3943-1.4171	0.1519	155	0.119	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4171-1.4416	0.1418	152	0.117	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4416-1.4678	0.1455	154	0.109	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4678-1.496	0.1564	153	0.1086	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.496-1.5266	0.1257	153	0.1074	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5266-1.5597	0.1333	153	0.0948	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5597-1.596	0.1098	154	0.0913	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.596-1.6359	0.1204	152	0.0903	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6359-1.6802	0.1276	154	0.0912	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6802-1.7296	0.1205	154	0.092	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7296-1.7854	0.1125	153	0.0929	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7854-1.8492	0.1108	153	0.0926	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8492-1.9232	0.1232	153	0.098	2911	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9232-2.0107	0.1139	153	0.1013	2905	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0107-2.1167	0.1339	153	0.1011	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1167-2.2493	0.1229	152	0.1026	2880	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2493-2.4229	0.132	153	0.116	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4229-2.6665	0.1417	154	0.1186	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6665-3.052	0.1347	154	0.129	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.052-3.8436	0.1501	155	0.133	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8436-28.1427	0.1791	158	0.1487	2983	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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