PDB-4y45: Endothiapepsin in complex with fragment 291

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y45

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 291

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.06 Å

データ登録者

Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y45.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y45.ent.gz	162.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y45_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y45_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	4y45_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	4y45_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pi0 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p52-d 3pmy-d 5p5k-d 5dq1-d 5p4i-d 6rsv-d 5dr8-d 5p5d-d 5p2v-d 5qbe-d 5rcp-d 5rdl-d 5rcn-d 5p6m-d 5p5w-d 5r3v-d 4y5n-d 5dr7-d 5p1b-d 4lhh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.332, 73.016, 52.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 294分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-F91 / N-(pyridin-4-ylmethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-amine 分子量: 242.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄N₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.06→42.72 Å / Num. obs: 144991 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.06→1.12 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.06→29.44 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.136	7249	5 %	random selection
R_work	0.12	-	-	-
obs	0.121	144989	98.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.06→29.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2367	0	49	288	2704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2568
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	3533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.271	856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	411
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	482

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0597-1.0717	0.2385	195	0.2406	3713	X-RAY DIFFRACTION	80
1.0717-1.0843	0.2118	225	0.2197	4265	X-RAY DIFFRACTION	92
1.0843-1.0975	0.2049	243	0.1903	4623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0975-1.1114	0.1763	242	0.1709	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1114-1.1261	0.1631	244	0.1523	4632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1261-1.1415	0.182	243	0.1461	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1415-1.1578	0.1527	244	0.136	4638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1578-1.1751	0.1465	242	0.1294	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1751-1.1934	0.1359	245	0.125	4661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1934-1.213	0.1479	241	0.1216	4586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.213-1.2339	0.1367	246	0.1164	4663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2339-1.2564	0.1306	242	0.1105	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2564-1.2805	0.1345	242	0.1114	4599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2805-1.3067	0.1422	245	0.1053	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3067-1.3351	0.1271	242	0.1015	4609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3351-1.3661	0.1308	246	0.1004	4658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3661-1.4003	0.1282	241	0.0945	4592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4003-1.4382	0.1206	244	0.091	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4382-1.4805	0.1012	243	0.0852	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4805-1.5283	0.0986	245	0.0854	4669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5283-1.5829	0.1043	243	0.0834	4618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5829-1.6462	0.1073	245	0.0875	4640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6462-1.7212	0.1175	244	0.0924	4634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7212-1.8119	0.114	244	0.098	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8119-1.9254	0.1145	243	0.1021	4618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9254-2.074	0.117	245	0.1007	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.2827	0.1132	245	0.1078	4654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2827-2.6128	0.1412	245	0.1225	4655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6128-3.2911	0.1477	247	0.133	4688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2911-29.4532	0.1599	248	0.1537	4725	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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