PDB-4y3h: Endothiapepsin in complex with fragment 189

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3h

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 189

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
著者: Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3h.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3h.ent.gz	163.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y3aC 4y3lC 4y3tC 4y58C 4y5aC 4y5bC 4y5cC 4y5eC 4y5gC 4y5kC 3pcwS 3pgi 4y35 4y36 4y37 4y38 4y39 4y3d 4y3f 4y3g 4y3j 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3w 4y3x 4y3y 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y48 4y4a 4y4b 4y4d 4y4e 4y4g 4y4j 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dr3-d 5p2r-d 3wz7-d 5ozl-d 5rdc-d 5p4n-d 5p3c-d 5mb3-d 5p6j-d 5qbn-d 4y5b-d 5p5e-d 5p4f-d 5p3w-d 5rde-d 5r2p-d 5p8c-d 5p43-d 5p36-d 4y47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.268, 72.907, 52.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-45X / 2-(pyridin-3-yl)ethanamine / 3-ピリジンエタンアミン分子量: 122.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→42.72 Å / Num. obs: 90396 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 16.85
反射シェル	解像度: 1.23→1.3 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.23→42.719 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 9.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.128	4519	5 %	random selection
R_work	0.1083	-	-	-
obs	0.1093	90392	96.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→42.719 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2376	0	59	315	2750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24	3582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.801	876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2279-1.2419	0.1529	102	0.1411	1949	X-RAY DIFFRACTION	66
1.2419-1.2565	0.1473	126	0.134	2379	X-RAY DIFFRACTION	80
1.2565-1.2718	0.1498	137	0.1218	2620	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2718-1.2879	0.1562	150	0.117	2838	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2879-1.3048	0.122	149	0.1111	2841	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3048-1.3227	0.129	152	0.1021	2882	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3227-1.3416	0.1203	152	0.1014	2883	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3416-1.3616	0.1184	151	0.1009	2878	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3616-1.3829	0.1286	153	0.0957	2897	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3829-1.4056	0.114	151	0.0946	2878	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4056-1.4298	0.1125	151	0.0944	2871	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4298-1.4558	0.1274	153	0.0895	2905	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4558-1.4838	0.1069	151	0.0851	2872	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4838-1.5141	0.1262	154	0.0832	2918	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5141-1.547	0.1107	154	0.0807	2929	X-RAY DIFFRACTION	98
1.547-1.583	0.1099	154	0.0808	2913	X-RAY DIFFRACTION	98
1.583-1.6226	0.0947	154	0.0813	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6226-1.6665	0.1139	155	0.0866	2940	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6665-1.7155	0.1133	153	0.0867	2916	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7155-1.7709	0.1187	155	0.0918	2941	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7709-1.8342	0.1402	154	0.0926	2924	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8342-1.9076	0.1237	156	0.092	2960	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9076-1.9945	0.1024	154	0.0914	2936	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9945-2.0996	0.115	156	0.0915	2966	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0996-2.2312	0.1128	154	0.0943	2929	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2312-2.4034	0.1104	158	0.1063	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4034-2.6452	0.1193	157	0.1132	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6452-3.0279	0.127	156	0.1174	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0279-3.8145	0.1446	158	0.1273	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8145-42.7446	0.1736	159	0.1515	3034	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)