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- PDB-4xug: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xug
タイトルCrystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with 2-({[4-(Trifluoromethoxy)Phenyl]Sulfonyl}Amino)Ethyl Dihydrogen Phosphate (F9F) inhibitor in the alpha site and ammonium ion in the metal coordination site.
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / carbon-oxygen lyase / hydro-lyase / tryptophan biosynthesis / Salmonella typhimurium / F9F / inhibitor / allosteric enzyme / aromatic amino acid biosynthesis / pyridoxal phosphate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F9F / AMMONIUM ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Young, R.P. / Niks, D. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097569 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with 2-({[4-(Trifluoromethoxy)Phenyl]Sulfonyl}Amino)Ethyl Dihydrogen Phosphate (F9F) inhibitor in the ...タイトル: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with 2-({[4-(Trifluoromethoxy)Phenyl]Sulfonyl}Amino)Ethyl Dihydrogen Phosphate (F9F) inhibitor in the alpha site and ammonium ion in the metal coordination site.
著者: Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Young, R.P. / Niks, D. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
履歴
登録2015年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3106
ポリマ－71,6182
非ポリマー6924
水13,439746
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,62012
ポリマ－143,2354
非ポリマー1,3858
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area43750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.883, 58.860, 67.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tryptophan Synthase chain A
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA / プラスミド: Derivative of Pbr322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Cb149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / プラスミド: Derivative of Pbr322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Cb149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 5種, 750分子

#3: 化合物 ChemComp-F9F / 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZENESULFONYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F9


分子量: 365.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11F3NO7PS
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Bicine-NH4OH, 7-12% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8, 100mM NH4Cl
PH範囲: 7.6-7.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月18日
放射モノクロメーター: VariMax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→29.43 Å / Num. all: 84215 / Num. obs: 84215 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.093 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 529960
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRsym value% possible all
1.65-1.7460.3353.372162119860.9490.0170.03997
5.22-29.417.20.03926.11997127920.9980.0210.05199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.94-10020.90.931561
6.32-8.9422.90.9441019
5.16-6.3224.80.9291308
4.47-5.1616.20.9621524
4-4.4714.70.9591743
3.65-415.80.9551907
3.38-3.6514.40.9542079
3.16-3.3815.50.9522223
2.98-3.1615.70.9462336
2.83-2.9817.50.9332489
2.7-2.8317.40.942591
2.58-2.715.80.9462721
2.48-2.5817.50.9382857
2.39-2.4817.20.9372938
2.31-2.3916.40.9423046
2.24-2.3116.30.9493116
2.17-2.2416.60.953231
2.11-2.1716.60.9443345
2.05-2.1116.90.9433406
2-2.0518.50.9343513
1.95-2190.933548
1.91-1.9519.40.9393634
1.86-1.91200.9273715
1.83-1.8621.50.9263802
1.79-1.8322.30.9293845
1.75-1.7924.70.9273964
1.72-1.7525.50.9233991
1.69-1.72250.9184027
1.65-1.6933.50.8715668

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HT3

4ht3


解像度: 1.65→29.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1946 / WRfactor Rwork: 0.1648 / FOM work R set: 0.8607 / SU B: 3.627 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0902 / SU Rfree: 0.0888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 4194 5 %RANDOM
Rwork0.1648 79953 --
obs0.1663 84147 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.23 Å2 / Biso mean: 22.31 Å2 / Biso min: 10 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4994 0 42 760 5796
Biso mean--19.88 34.58 -
残基数----661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.9767144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0825685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50623.894226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99115876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2921536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.5012707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5262.2433403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5771.7182560
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 296 -
Rwork0.262 5681 -
all-5977 -
obs--95.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63350.7843-0.25660.7180.14770.4320.14360.13450.01050.0268-0.0740.0241-0.1395-0.1598-0.06960.05720.04290.03580.07150.00770.0501-54.33291.344321.51
20.337-0.10790.02870.6031-0.04550.32670.0432-0.01670.00780.0201-0.0359-0.016-0.03810.0029-0.00730.0280.00390.02190.0301-0.00250.0377-40.5174-0.913724.6043
30.75150.3325-0.19290.5878-0.17030.9220.04440.1269-0.0417-0.01030.0120.00390.0457-0.13-0.05640.00930.0074-0.01360.0464-0.01660.0426-46.7925-12.242814.2386
43.97933.866-3.8864.9093-5.6347.0456-0.02970.5387-0.0391-0.27340.35720.25690.3348-0.4074-0.32740.08390.0825-0.10150.1804-0.11120.1243-55.1608-13.2398.1
50.38090.01520.23980.50090.14690.47050.02170.07360.0306-0.1166-0.00870.0299-0.0784-0.0746-0.0130.04170.03160.00070.06370.02380.0327-50.38335.40211.1626
60.3306-0.05610.01370.01680.04690.3322-0.01370.0488-0.04490.0021-0.00980.0114-0.0018-0.00390.02350.00180.00150.00660.0401-0.01020.0378-15.0753-25.09618.8224
70.0130.02840.0170.73740.24250.81840.02620.00570.0093-0.05710.0167-0.0636-0.0916-0.0564-0.0430.0620.0140.03360.062-0.0130.0262-17.6449-7.8250.7317
80.2359-0.0463-0.06310.0123-0.00140.14330.00590.00360.0181-0.0041-0.008-0.00540.0186-0.02590.00210.0043-0.00210.00730.0585-0.00410.0421-15.0883-17.567217.3322
90.42480.2529-0.15580.1513-0.09060.4170.0012-0.0340.00160.0008-0.01420.001-0.01890.00790.0130.00470.00150.01070.0531-0.00320.0365-5.1627-15.156220.9619
100.0964-0.15920.02520.2729-0.1451.14230.0208-0.0323-0.0063-0.01840.05190.0168-0.14090.0992-0.07270.0247-0.01660.01240.0869-0.00520.0164.0483-13.600917.142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4A188 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5A203 - 267
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7B101 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8B166 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9B302 - 343
10X-RAY DIFFRACTION10B344 - 395

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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