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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wy7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of recombinant 4E10 expressed in Escherichia coli with epitope bound | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / broad neutralizing antobody / recombinant Fab / epitope | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Rujas, E. / Morante, K. / Tsumoto, K. / Nieva, J.L. / Caaveiro, J.M.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: The Atomic Structure of the HIV-1 gp41 Transmembrane Domain and Its Connection to the Immunogenic Membrane-proximal External Region. 著者: Apellaniz, B. / Rujas, E. / Serrano, S. / Morante, K. / Tsumoto, K. / Caaveiro, J.M. / Jimenez, M.A. / Nieva, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wy7.cif.gz | 108.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wy7.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wy7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wy7_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wy7_full_validation.pdf.gz | 448.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4wy7_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wy7_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wy7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23990.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23292.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle | ||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2187.582 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 662-674 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate WMJ22 / 遺伝子: env / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P05880 | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM sodium acetate 30% PEG 8,000 100 mM sodium cacodylate Protein was prepared in PBS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→44.7 Å / Num. obs: 30114 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 76.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FX7 解像度: 2.1→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.171 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→44.7 Å
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拘束条件 |
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