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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uim | ||||||
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タイトル | crystal structure of quinine-dependent Fab 314.3 | ||||||
要素 | (FAB 314.3) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / QUININE-DEPENDENT / MOUSE MAB | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2015 タイトル: Structural Basis for Quinine-Dependent Antibody Binding to Platelet Integrin Alphaiib Beta3 著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uim.cif.gz | 958.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uim.ent.gz | 823.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4uim_validation.pdf.gz | 497.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4uim_full_validation.pdf.gz | 528.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4uim_validation.xml.gz | 64 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4uim_validation.cif.gz | 87.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/4uim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/4uim | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24257.135 Da / 分子数: 4 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-225 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23590.900 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-214 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 40% PEG 400, 200 MM MGCL2, AND 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.00695 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月10日 / 詳細: DOUBLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00695 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 53487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4UIK 解像度: 2.7→49.367 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.367 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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