PDB-4toy: Structure of 35O22 Fab, a HIV-1 neutralizing antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4toy

タイトル

Structure of 35O22 Fab, a HIV-1 neutralizing antibody

要素

35O22 Fab Heavy chain
35O22 Fab Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / antibody / Fab / neutralizing

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.551 Å

データ登録者

Pancera, M. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Broad and potent HIV-1 neutralization by a human antibody that binds the gp41-gp120 interface.
著者: Jinghe Huang / Byong H Kang / Marie Pancera / Jeong Hyun Lee / Tommy Tong / Yu Feng / Hiromi Imamichi / Ivelin S Georgiev / Gwo-Yu Chuang / Aliaksandr Druz / Nicole A Doria-Rose / Leo Laub / ...
要旨: The isolation of human monoclonal antibodies is providing important insights into the specificities that underlie broad neutralization of HIV-1 (reviewed in ref. 1). Here we report a broad and ...

履歴

登録	2014年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.classification
改定 2.0	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4toy.cif.gz	274.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4toy.ent.gz	224.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4toy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4toy_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4toy_full_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示
XML形式データ	4toy_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	4toy_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/4toy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/4toy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2672C 4jpiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hk0-1 5ihz-3 4ma1-1 5lgh-d 1clo-d 3qg6-1 5cd3-1 6c5i-d 6n7u-d 4m7z-1 6gc2-d 6rlm-4 6e64-1 6qn8-1 6qn8-6 6m87-3 5i1l-2 4ncc-1 1dee-1 5jor-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 35O22 Fab Heavy chain

L: 35O22 Fab Light chain

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.183, 57.183, 267.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	35O22 Fab Heavy chain 分子量: 26153.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	35O22 Fab Light chain 分子量: 23318.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 15% isopropanol, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium citrate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 64625 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 11.2 % / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 20.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JPI

4jpi

解像度: 1.551→39.081 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	3278	5.08 %
R_work	0.1665	-	-
obs	0.1673	64474	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.551→39.081 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3452	0	0	449	3901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3643
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	4986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.299	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	561
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.551-1.5745	0.2867	136	0.2291	2430	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5745-1.5991	0.2471	140	0.2246	2518	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5991-1.6253	0.2327	133	0.2139	2576	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6253-1.6533	0.2266	129	0.2057	2577	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6533-1.6834	0.2136	138	0.2002	2625	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6834-1.7158	0.207	145	0.1951	2532	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7158-1.7508	0.2116	148	0.1902	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7508-1.7888	0.2154	130	0.1809	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7888-1.8305	0.2261	130	0.1866	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8305-1.8762	0.1808	132	0.1786	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8762-1.927	0.2177	149	0.1777	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
1.927-1.9837	0.2148	133	0.1775	2616	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9837-2.0477	0.1691	141	0.1673	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0477-2.1209	0.1967	146	0.1669	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1209-2.2058	0.2154	140	0.1682	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2058-2.3062	0.2019	151	0.165	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3062-2.4277	0.196	158	0.1664	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4277-2.5798	0.2147	146	0.1717	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5798-2.7789	0.1891	146	0.1768	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7789-3.0585	0.1792	132	0.1742	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0585-3.5008	0.1717	159	0.1566	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5008-4.4097	0.1461	165	0.1445	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4097-39.0936	0.1527	151	0.1536	3028	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8004	-3.2164	-0.1582	5.2681	1.1108	1.7054	-0.1372	-0.1962	0.1709	0.4013	0.3023	-0.3959	0.0153	0.1874	-0.0939	0.2411	0.0224	-0.0694	0.1554	-0.0393	0.2328	1.1808	13.066	-21.3305
2	5.751	-3.1977	-2.009	5.7251	1.7448	2.2274	-0.1552	0.0264	0.3504	0.1802	0.1035	-0.4345	0.049	0.1205	-0.0085	0.1456	-0.0107	-0.0355	0.0764	-0.0114	0.1119	2.651	2.5525	-27.9854
3	4.2398	-1.8279	-1.0171	4.4264	0.3129	1.3523	0.2214	0.3492	0.1795	-0.3032	-0.1972	-0.1795	-0.1314	0.016	-0.0177	0.1728	-0.0056	-0.0218	0.1102	0.0138	0.1293	1.766	5.6519	-35.4556
4	3.4266	-2.3128	-0.3553	5.3674	0.0897	1.2797	-0.1985	0.0761	0.3951	0.1613	0.1518	-1.3645	-0.0319	0.3641	-0.1032	0.1997	0.0024	-0.0483	0.2045	-0.0798	0.4265	10.8064	6.4761	-28.3108
5	7.6197	-4.9097	0.6828	6.7916	-0.3781	2.2911	0.2312	0.2745	0.4844	-0.2193	-0.1272	-0.2706	-0.128	0.091	-0.0253	0.1861	-0.0098	-0.0111	0.0992	-0.0061	0.1574	-3.0248	15.9312	-28.4218
6	4.188	-3.9997	-2.4382	7.9532	4.0858	3.6583	-0.1498	-0.015	-0.0441	0.2054	0.1779	-0.1218	0.1158	0.1757	0.0443	0.1493	-0.0042	-0.0037	0.1144	0.01	0.1476	1.3091	-2.8874	-29.8158
7	0.407	0.216	-0.4097	0.0773	-0.2543	1.5059	-0.011	-0.124	0.1773	0.4656	0.0754	0.0498	-0.3119	0.0462	-0.0341	0.3656	0.0315	0.0215	0.1232	-0.0241	0.2165	-7.9113	12.4724	-13.999
8	2.2938	1.4092	-1.3251	9.5869	-6.4888	7.6541	0.1414	-0.0719	-0.2235	-0.2476	0.1728	0.3213	-0.3287	-0.5196	-0.2981	0.3417	0.0898	-0.012	0.2532	-0.0079	0.2184	-18.3146	3.9882	8.1585
9	1.1677	0.2333	-0.3807	1.1886	-2.0475	4.7284	0.0613	-0.0768	0.0094	-0.1339	-0.0069	-0.1	-0.5787	0.1353	-0.011	0.4091	0.0485	0.0614	0.1738	-0.0371	0.1986	-10.9784	8.9752	-0.8552
10	1.8166	1.3215	-2.9193	2.5559	-3.7591	8.394	0.3277	-0.0485	0.0741	0.2207	-0.0176	0.1808	-1.3423	-0.2092	-0.2206	0.5747	0.0892	-0.007	0.3069	-0.0569	0.2722	-14.9357	10.5811	11.481
11	2.6434	1.4693	-1.519	2.4733	-1.0196	2.8851	-0.1368	0.3334	0.2361	-0.2027	0.2912	0.2841	0.1185	-0.3589	-0.0772	0.1945	-0.0194	-0.0347	0.1672	0.0232	0.2159	-15.3211	-10.4512	-33.4517
12	3.0564	0.8451	0.0818	4.1011	-1.8243	1.457	-0.0323	-0.102	-0.0573	0.265	0.0681	0.0994	0.0301	0.1015	0.0196	0.1748	0.0113	-0.0057	0.1164	-0.0016	0.1705	-5.9681	-11.6939	-25.3019
13	1.4973	0.9192	-1.4019	2.0112	-0.52	2.0318	-0.0024	0.0538	0.0992	-0.07	-0.0189	0.1692	0.0451	-0.0028	-0.0625	0.1417	-0.0004	-0.0178	0.1278	-0.0048	0.1564	-12.1767	-11.0498	-30.602
14	0.8602	-1.0791	-0.7178	2.6269	1.5078	3.6535	-0.0698	-0.22	0.1465	0.3637	0.1531	-0.0912	-0.4003	-0.5787	0.0388	0.3599	0.1701	0.0503	0.3107	-0.0058	0.248	-23.0857	4.4911	-1.5207
15	1.4567	0.1494	-0.4641	3.0939	0.7672	3.439	-0.0706	-0.1312	0.1304	0.1522	0.1031	0.4394	-0.567	-1.2145	0.0725	0.3909	0.2941	0.0549	0.5933	-0.0078	0.2554	-28.8109	6.9931	-0.8764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 26 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 44 through 63 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 64 through 75 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 76 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 88 through 100E )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 100F through 124 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 125 through 143 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 144 through 203 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 204 through 224 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 2 through 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 38 through 61 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 62 through 102 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 103 through 129 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 130 through 211 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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