PDB-4pf6: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pf6

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM ROSEOBACTER DENITRIFICANS (RD1_0742, TARGET EFI-510239) WITH BOUND 3-DEOXY-D-MANNO-OCT-2-ULOSONIC ACID (KDO)

要素

C4-dicarboxylate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Roseobacter denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Experimental preparation
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pf6.cif.gz	195.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pf6.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pf6_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pf6_full_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示
XML形式データ	4pf6_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4pf6_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6obb-d 6op9-d 6vzn-1 4xeq-4 4oa4-4 4ovq-d 5eol-d 3gen-d 3peq-1 2vpn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510239

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C4-dicarboxylate-binding protein

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.527, 100.527, 159.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-613- HOH

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質

C4-dicarboxylate-binding protein / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

分子量: 36671.328 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-331 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Roseobacter denitrificans (バクテリア)
株: ATCC 33942 / OCh 114 / 遺伝子: RD1_0742 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16C67

#2: 糖

ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₄O₈

#3: 化合物

ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein (31.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 2 M Ammonium Sulfate ); Cryoprotection (80% LiSO4 (2 M) + 20% reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→159.21 Å / Num. obs: 52900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 1071804 / Scaling rejects: 27

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.7-1.73	18.9	0.01078	3.5	51916	2750	0.254	100
9-159.21	15.1	0.045	66.1	6870	454	0.011	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.93 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.162	2453	5.09 %	Random Selection
R_work	0.139	-	-	-
obs	0.14	48520	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→47.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2347	0	63	434	2844
B_iso mean	-	-	31.14	35.08	-
残基数	-	-	-	-	305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2475
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	3379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.952	888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.77	0.2078	162	0.1969	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.7908	0.2212	135	0.1943	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7908-1.8126	0.2271	157	0.1833	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8356	0.2188	155	0.1715	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8356-1.8597	0.1852	160	0.1667	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8597-1.8852	0.1958	169	0.1596	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9122	0.2094	146	0.1514	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9122-1.9407	0.2108	137	0.1498	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9407-1.971	0.1727	153	0.1455	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-2.0033	0.1904	109	0.1452	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0033-2.0379	0.1378	168	0.1301	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0379-2.0749	0.1389	145	0.129	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0749-2.1148	0.142	185	0.1211	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1148-2.158	0.1493	141	0.118	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.158-2.2049	0.1492	141	0.1218	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2049-2.2562	0.1687	146	0.1252	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2562-2.3126	0.1665	174	0.1236	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3126-2.3752	0.1454	181	0.1154	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3752-2.4451	0.1419	144	0.122	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4451-2.524	0.146	133	0.1167	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.524-2.6142	0.1445	169	0.1221	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6142-2.7188	0.157	170	0.1363	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7188-2.8426	0.1693	144	0.1408	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8426-2.9924	0.1759	141	0.1441	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9924-3.1799	0.1758	164	0.1564	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1799-3.4253	0.1597	130	0.1452	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4253-3.7699	0.1692	157	0.1325	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7699-4.3151	0.1413	163	0.1239	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3151-5.4354	0.133	168	0.1276	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4354-47.9496	0.1792	171	0.1705	2841	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5105	-0.2439	-0.1048	1.027	-0.3084	1.4156	0.0053	-0.1324	0.0605	0.1815	0.0042	0.0848	-0.2009	-0.1839	0.0133	0.1786	0.0082	0.0462	0.1221	-0.0232	0.146	28.5326	11.8962	-8.3402
2	0.4561	-0.1779	0.0205	0.627	-0.0205	1.0896	0.0148	0.0239	0.0847	-0.0123	0.0569	-0.0979	-0.1694	0.0817	-0.0644	0.1725	-0.0211	0.0403	0.1259	-0.0358	0.1789	39.1222	12.9539	-15.7768
3	0.878	-0.4329	-0.241	0.9021	-0.1958	1.4366	-0.0218	-0.1011	0.0277	0.1406	0.043	-0.1277	0.1241	0.2451	-0.0449	0.1561	0.0119	0.0109	0.1495	-0.0339	0.1595	43.2601	3.3636	-14.899
4	1.0885	-0.2022	-0.3664	1.7404	0.4278	1.209	0.0221	0.1742	0	-0.3711	-0.0601	0.1283	-0.1916	-0.2248	0.0122	0.1843	-0.0038	0.0003	0.1717	-0.0104	0.1468	32.4914	2.8981	-40.8626
5	0.9905	-0.6467	-0.081	2.2614	0.7518	1.6877	0.0656	0.0988	0.1015	-0.3037	0.0401	-0.2576	-0.3387	0.1179	-0.0883	0.1957	-0.0319	0.0458	0.1365	-0.0061	0.1661	40.5177	9.3139	-34.5881
6	0.3143	-0.0264	-0.2032	0.6658	0.5285	1.4872	0.0074	0.0521	0.0544	-0.0022	-0.0253	0.0331	-0.1374	-0.1469	0.0194	0.1509	0.002	0.0232	0.1266	-0.0138	0.1613	30.8209	7.932	-24.4325
7	1.9782	0.8493	1.8378	1.4001	1.2443	4.4709	0.0811	-0.0634	-0.0821	0.2279	-0.05	0.114	0.4362	-0.4057	-0.0436	0.1905	-0.0333	0.0384	0.1541	-0.0028	0.1814	29.3029	-0.2096	-11.9367
8	2.6037	0.1678	-0.1179	0.8129	-0.101	0.854	0.0804	-0.0705	-0.0619	-0.0054	-0.0602	0.0588	0.2722	-0.1292	-0.0124	0.1661	-0.0615	0.0318	0.1766	-0.0449	0.1696	36.5279	-4.8805	-36.1618
9	1.6576	0.976	-0.5917	2.1797	-0.73	2.736	-0.1088	-0.0363	-0.0805	0.118	0.1194	-0.4448	0.0627	0.4356	-0.0058	0.1918	0.0522	0.0436	0.2751	-0.0771	0.2854	54.1228	-0.9218	-23.4362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 26 THROUGH 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 55 THROUGH 111 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 112 THROUGH 152 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 153 THROUGH 177 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 178 THROUGH 195 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 196 THROUGH 253 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 254 THROUGH 288 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 289 THROUGH 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 310 THROUGH 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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