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- PDB-4oo9: Structure of the human class C GPCR metabotropic glutamate recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oo9
タイトルStructure of the human class C GPCR metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain in complex with the negative allosteric modulator mavoglurant
要素Metabotropic glutamate receptor 5, Lysozyme, Metabotropic glutamate receptor 5 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7TM / receptor / G-protein / cysteine-S-acetamide
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection ...A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / : / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / viral release from host cell by cytolysis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of calcium-mediated signaling / peptidoglycan catabolic process / protein tyrosine kinase binding / learning / dendritic shaft / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / learning or memory / defense response to bacterium / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mavoglurant / OLEIC ACID / Endolysin / Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dore, A.S. / Okrasa, K. / Patel, J.C. / Serrano-Vega, M. / Bennett, K. / Cooke, R.M. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Khan, S. / Tehan, B. ...Dore, A.S. / Okrasa, K. / Patel, J.C. / Serrano-Vega, M. / Bennett, K. / Cooke, R.M. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Khan, S. / Tehan, B. / Weir, M. / Wiggin, G.R. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of class C GPCR metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain.
著者: Dore, A.S. / Okrasa, K. / Patel, J.C. / Serrano-Vega, M. / Bennett, K. / Cooke, R.M. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Khan, S. / Tehan, B. / Weir, M. / Wiggin, G.R. / Marshall, F.H.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Atomic model / Non-polymer description ...Atomic model / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32014年8月6日Group: Database references
改定 1.42015年7月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.52017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 5, Lysozyme, Metabotropic glutamate receptor 5 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5557
ポリマ－49,9171
非ポリマー1,6386
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.242, 43.555, 82.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4143-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 5, Lysozyme, Metabotropic glutamate receptor 5 chimera / mGluR5 / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 49916.641 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5, E / プラスミド: FastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: P41594, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-2U8 / Mavoglurant / methyl (3aR,4S,7aR)-4-hydroxy-4-[(3-methylphenyl)ethynyl]octahydro-1H-indole-1-carboxylate / マボグルラント


分子量: 313.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23NO3 / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 569-678 AND 679-836 OF GLUR5 SEPARATED BY RESIDUES 2-162 OF LYSOZYME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 293.1 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.8
詳細: 24-34% v/v PEG400, 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M MES, pH 6.8, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293.1K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→80.955 Å / Num. all: 14800 / Num. obs: 14800 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3EML, 3UON, 4DAJ, 4DKL, 4DJH, 3V2Y, 4EA3, AND 1U19

3eml

3uon

4daj

4dkl

4djh

3v2y

4ea3

1u19


解像度: 2.6→29.74 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 691 4.68 %
Rwork0.2392 --
obs0.2409 14779 94.06 %
all-14779 -
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 97 46 3355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6584555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5311280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80060.37621310.30782801X-RAY DIFFRACTION95
2.8006-3.08220.26351400.2782855X-RAY DIFFRACTION96
3.0822-3.52760.32851310.26152851X-RAY DIFFRACTION95
3.5276-4.4420.2631410.22132813X-RAY DIFFRACTION94
4.442-29.74150.23741480.20932768X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30760.10140.26720.10180.04890.0372-0.10430.0604-0.2340.1240.01690.24860.18730.07250.02310.2019-0.065-0.0220.1974-0.00460.2147-33.6069-13.959441.117
2-0.25270.2064-0.1660.2104-0.06840.5866-0.1206-0.1167-0.01010.00210.0662-0.0498-0.1231-0.2951-0.12220.14290.06470.01110.3198-0.02990.1618-14.35474.21837.9223
30.5221-0.21320.14090.2787-0.10730.2468-0.0313-0.0197-0.01490.0105-0.0414-0.03310.0518-0.0183-0.04980.187-0.0287-0.00430.11950.01090.1967-22.7584-5.673538.5019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 568 through 640 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 641 through 689 ) or chain 'A' and (resid 1002 through 1162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 690 through 832 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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