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万見
- PDB-5jze: Erve virus viral OTU domain protease in complex with mouse ISG15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jze
タイトルErve virus viral OTU domain protease in complex with mouse ISG15
要素
  • RNA-dependent RNA polymerase
  • Ubiquitin-like protein ISG15
キーワードHYDROLASE / vOTU / ISG15 / nairovirus / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / Termination of translesion DNA synthesis / ISG15 antiviral mechanism / ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / Termination of translesion DNA synthesis / ISG15 antiviral mechanism / ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / response to bacterium / modification-dependent protein catabolic process / response to virus / protein tag activity / positive regulation of type II interferon production / integrin binding / defense response to virus / defense response to bacterium / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cathepsin B; Chain A - #80 / : / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Cathepsin B; Chain A ...: / Cathepsin B; Chain A - #80 / : / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / CITRATE ANION / RNA-directed RNA polymerase L / Ubiquitin-like protein ISG15
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Erve virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Deaton, M.K. / Dzimianski, J.V. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI109008 米国
United States Department of Agriculture (USDA)58-5030-5-034 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Insights into the Preference of Nairoviral DeISGylases for Interferon-Stimulated Gene Product 15 Originating from Certain Species.
著者: Deaton, M.K. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / Whitney, G.K. / Mank, N.J. / Parham, M.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.
履歴
登録2016年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ubiquitin-like protein ISG15
A: RNA-dependent RNA polymerase
D: Ubiquitin-like protein ISG15
C: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,86010
ポリマ－53,9894
非ポリマー8716
水4,558253
1
B: Ubiquitin-like protein ISG15
A: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4305
ポリマ－26,9952
非ポリマー4353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
2
D: Ubiquitin-like protein ISG15
C: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4305
ポリマ－26,9952
非ポリマー4353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.992, 65.992, 121.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein ISG15 / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein


分子量: 8981.304 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Isg15, G1p2, Ucrp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q64339
#2: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 18013.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Erve virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRP / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J3RTH4
#3: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE


分子量: 57.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N
#4: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 6% PEG 6000 and 0.1 M citric acid supplemented 0.2% of 3.0 M NTSB-195

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→65.99 Å / Num. obs: 18742 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/av σ(I): 11.541 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.47-2.513.70.481100
2.51-2.5640.4861100
2.56-2.614.30.4251100
2.61-2.664.20.4161100
2.66-2.724.20.3281100
2.72-2.784.20.309199.9
2.78-2.854.30.262199.9
2.85-2.934.30.2411100
2.93-3.014.30.2011100
3.01-3.114.30.1571100
3.11-3.224.30.1331100
3.22-3.354.30.111100
3.35-3.54.30.0991100
3.5-3.694.30.0821100
3.69-3.924.30.0741100
3.92-4.224.30.0641100
4.22-4.654.30.0681100
4.65-5.324.30.0841100
5.32-6.74.20.0861100
6.7-504.20.035199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HXD

4hxd


解像度: 2.47→65.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.227 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.828 / ESU R Free: 0.275
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 986 5.3 %RANDOM
Rwork0.1737 ---
obs0.1767 17722 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.12 Å2 / Biso mean: 24.713 Å2 / Biso min: 6.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→65.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 60 253 4108
Biso mean--53.1 23.08 -
残基数----469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9665362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87338606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6155473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13823.762202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54615691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3721532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5962.2971886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5962.2961885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6343.4352355
LS精密化 シェル解像度: 2.472→2.536 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 80 -
Rwork0.232 1307 -
all-1387 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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