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- PDB-3uon: Structure of the human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uon
タイトルStructure of the human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound to an antagonist
要素Human M2 muscarinic acetylcholine, receptor T4 lysozyme fusion protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST / G protein-coupled receptor / GPCR / acetylcholine receptor / SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / symmetric synapse / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of smooth muscle contraction / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / asymmetric synapse ...Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / symmetric synapse / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of smooth muscle contraction / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / asymmetric synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / peptidoglycan catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / nervous system development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / ciliary basal body / defense response to bacterium / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / synapse / dendrite / nucleolus / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Chem-QNB / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Haga, K. / Kruse, A.C. / Asada, H. / Yurugi-Kobayashi, T. / Shiroishi, M. / Zhang, C. / Weis, W.I. / Okada, T. / Kobilka, B.K. / Haga, T. / Kobayashi, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound to an antagonist.
著者: Haga, K. / Kruse, A.C. / Asada, H. / Yurugi-Kobayashi, T. / Shiroishi, M. / Zhang, C. / Weis, W.I. / Okada, T. / Kobilka, B.K. / Haga, T. / Kobayashi, T.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human M2 muscarinic acetylcholine, receptor T4 lysozyme fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2835
ポリマ－52,6951
非ポリマー5884
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.17, 47.26, 88.12
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 109.7, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological molecule is equivalent to the contents of the asymmetric unit excluding the T4 lysozyme, which is a non-physiological crystallization aid.

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要素

#1: タンパク質 Human M2 muscarinic acetylcholine, receptor T4 lysozyme fusion protein


分子量: 52694.543 Da / 分子数: 1
断片: UNP RESIDUES 1-217, UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDUES 377-466
変異: N2D, N3D, N6D, N9D, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM2, E
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08172, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-QNB / (3R)-1-azabicyclo[2.2.2]oct-3-yl hydroxy(diphenyl)acetate / (R)-QNB


分子量: 337.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23NO3
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE STRUCTURE IS AN INTERNAL FUSION PROTEIN WITH LYSOZYME. AN OFFSET 1000 HAS BEEN ADDED TO ...THE STRUCTURE IS AN INTERNAL FUSION PROTEIN WITH LYSOZYME. AN OFFSET 1000 HAS BEEN ADDED TO ORIGINAL SEQUENCE DATABASE RESIDUE NUMBERS (2-161) OF THE LYSOZYME PART IN COORDINATES TO DISTINGUISH THE LYSOZYME PART IN THE CHAIN. THEREFORE LYSOZYME PART HAVE NUMBERS A1002-A1161.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 23

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 25 to 35% PEG 300, 100 mM ammonium phosphate, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM HEPES, 10:1 monoolein:cholesterol lipid mix diluted 1.5:1 with protein in detergent buffer, Lipidic cubic ...詳細: 25 to 35% PEG 300, 100 mM ammonium phosphate, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM HEPES, 10:1 monoolein:cholesterol lipid mix diluted 1.5:1 with protein in detergent buffer, Lipidic cubic phase, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1781
2781
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.033
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2011年2月10日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2011年3月5日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→27.5 Å / Num. obs: 11726 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Beta2 adrenergic receptor, T4 lysozyme (PDB ENTRY 2RH1)

2rh1


解像度: 3→27.466 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 593 5.07 %Random.
Rwork0.2248 ---
obs0.2274 11702 94.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.88 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.2278 Å2-0 Å29.8464 Å2
2--2.5771 Å20 Å2
3----20.8049 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→27.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3451 0 39 57 3547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5734880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8941261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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