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- PDB-6ps6: XFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to Timolol. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ps6
タイトルXFEL beta2 AR structure by ligand exchange from Timolol to Timolol.
要素Fusion protein of Beta-2 adrenergic receptor and T4 Lysozyme
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / COMPLEX-LCP method / SBDD / drug design / XFEL / LCP-SFX / Ligand Exchange / Timolol / b2AR / beta2AR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / brown fat cell differentiation / intercellular bridge / viral release from host cell by cytolysis / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / mitotic spindle / lysozyme / lysozyme activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / early endosome / lysosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of MAPK cascade / endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / ciliary basal body / defense response to bacterium / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-TIM / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N.A. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. ...Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N.A. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. / Moraes, I. / Gati, C. / Cherezov, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127086 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Toward G protein-coupled receptor structure-based drug design using X-ray lasers.
著者: Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. ...著者: Ishchenko, A. / Stauch, B. / Han, G.W. / Batyuk, A. / Shiriaeva, A. / Li, C. / Zatsepin, N. / Weierstall, U. / Liu, W. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Iwata, S. / Moraes, I. / Gati, C. / Cherezov, V.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Beta-2 adrenergic receptor and T4 Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,48718
ポリマ－57,7741
非ポリマー4,71317
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.480, 76.190, 171.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fusion protein of Beta-2 adrenergic receptor and T4 Lysozyme / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 57774.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07550, UniProt: D9IEF7

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非ポリマー , 6種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-TIM / (2S)-1-(tert-butylamino)-3-[(4-morpholin-4-yl-1,2,5-thiadiazol-3-yl)oxy]propan-2-ol / Timolol maleate / チモロ-ル


分子量: 316.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H24N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 M Ammonium Sulfate, 30% PEG 400, 2 mM of target ligand Timolol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→31.4 Å / Num. obs: 15738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 170.9 % / CC1/2: 0.986 / R split: 0.177 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.89 Å / Num. unique obs: 2844 / CC1/2: 0.246 / R split: 1.855
Serial crystallography measurementCollection time total: 2.13 hours / Focal spot size: 1.5 µm2 / Pulse duration: 42 fsec. / Pulse photon energy: 9.5 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionFlow rate: 0.2 µL/min / Injector diameter: 50 µm
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 80792 / Frames indexed: 17952 / Frames total: 918091

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3d4s

3d4s


解像度: 2.7→31.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.492 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 785 5.01 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 15665 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 208.88 Å2 / Biso mean: 87.5 Å2 / Biso min: 39.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.9832 Å20 Å20 Å2
2--5.8043 Å20 Å2
3---6.1788 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→31.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 226 10 3714
Biso mean--108.08 64.69 -
残基数----443
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1743SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes547HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3789HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion499SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4508SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3789HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5127HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.95
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 141 5.08 %
Rwork0.238 2636 -
all0.24 2777 -
obs--99.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.768 Å / Origin y: 3.575 Å / Origin z: 25.8497 Å
111213212223313233
T0.0253 Å2-0.0065 Å2-0.0077 Å2--0.2174 Å20.047 Å2---0.2244 Å2
L0.8911 °2-0.3177 °2-0.8803 °2-0.6741 °20.5914 °2--2.9383 °2
S-0.0052 Å °-0.0008 Å °0.0308 Å °0.0728 Å °-0.0249 Å °-0.0343 Å °-0.2669 Å °0.0243 Å °0.0301 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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