PDB-4odu: Unliganded Fab structure of lipid A-specific antibody S1-15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4odu

タイトル

Unliganded Fab structure of lipid A-specific antibody S1-15

要素

S1-15 Fab (IgG2b kappa) light chain
S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Carbohydrate binding

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Antibody Recognition of Lipid A: INSIGHTS TO POLYSPECIFICITY TOWARD SINGLE-STRANDED DNA.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Rodriguez, T. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.

履歴

登録	2014年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4odu.cif.gz	182.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4odu.ent.gz	143.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4odu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4odu_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4odu_full_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示
XML形式データ	4odu_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	4odu_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4odu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/4odu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4odsC 4odtSC 4odvC 4odwC 4z8fC 4z95C 4ody PDB 未公開エントリ 4odz PDB 未公開エントリ 4oe0 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lgh-d 4pb0-d 5bk5-4 2ak1-d 3qnz-d 3qnx-d 6rlm-3 1ucb-d 4k23-d 5d1z-3 6dc8-d 1nld-d 5mp5-2 6amj-2 6z3k-4 5vh4-2 5mu0-6 3qg7-d 1y18-2 5v7r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: S1-15 Fab (IgG2b kappa) light chain

H: S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain

B: S1-15 Fab (IgG2b kappa) light chain

A: S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain

ヘテロ分子

96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: S1-15 Fab (IgG2b kappa) light chain

H: S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: S1-15 Fab (IgG2b kappa) light chain

A: S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.787, 77.638, 71.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	B
1	2	H
2	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	L	1 - 212
2	1	B	1 - 212
1	2	H	0 - 223
2	2	A	0 - 223

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	S1-15 Fab (IgG2b kappa) light chain 分子量: 23727.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体	S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain 分子量: 24349.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 7 詳細: 25% (w/v) PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 37458 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.29→2.34 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.615 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 43.68 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.4 Å
Translation	2.5 Å	29.4 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ODT

4odt

解像度: 2.29→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.221 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.5229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.523 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	1738	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.19	34731	92.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6662	0	10	300	6972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	6833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.943	9305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	14235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.586	5	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.612	24.029	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.596	15	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.284	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.928	3.073	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.926	3.072	3461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.207	4.597	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	L	10920	0.14
1	2	B	10920	0.14
2	1	H	11246	0.12
2	2	A	11246	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.29→2.35 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	61	-
R_work	0.214	1087	-
obs	-	-	41.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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