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- PDB-4kkx: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kkx
タイトルCrystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium with 2-aminophenol quinonoid in the beta site and the F6 inhibitor in the alpha site
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Lyase / carbon-oxygen lyase / tryptophan biosynthesis / F6F / allosteric enzyme / 2-aminophenol quinonoid / biosynthesis / aromatic amino acid biosynthesis / pyridoxal phosphate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AQ3 / Chem-F6F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Hilario, E. / Niks, D. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Allostery and substrate channeling in the tryptophan synthase bienzyme complex: evidence for two subunit conformations and four quaternary states.
著者: Niks, D. / Hilario, E. / Dierkers, A. / Ngo, H. / Borchardt, D. / Neubauer, T.J. / Fan, L. / Mueller, L.J. / Dunn, M.F.
履歴
登録2013年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,57621
ポリマ－71,6182
非ポリマー1,95919
水16,718928
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,15342
ポリマ－143,2354
非ポリマー3,91738
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area42610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.870, 61.460, 67.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.700, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-860-

HOH

21B-993-

HOH

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA / 細胞株 (発現宿主): CB149 / 株 (発現宿主): Escherichia coli / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / 細胞株 (発現宿主): CB149 / 株 (発現宿主): Escherichia coli / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 7種, 947分子

#3: 化合物 ChemComp-F6F / 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZOYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F6 / りん酸二水素2-(4-トリフルオロメトキシベンゾイル)アミノエチル


分子量: 329.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11F3NO6P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-AQ3 / N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-3-[(2-hydroxyphenyl)amino]-D-alanine


分子量: 427.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N3O8P
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Bicine-NaOH, 10-14% PEG 8000, 2 mM spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→91.626 Å / Num. all: 63604 / Num. obs: 63604 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.77-1.872.90.4641.62563388250.46482.9
1.87-1.982.90.3262.32331980660.32679.9
1.98-2.122.90.2143.52099873280.21477.4
2.12-2.292.80.1474.81910768570.14777.8
2.29-2.52.60.1076.61786368680.10784.5
2.5-2.82.50.0788.91752169880.07895
2.8-3.232.70.06111.91756364880.06199.4
3.23-3.962.90.04117.91615655010.041100
3.96-5.63.10.02725.31331043040.027100
5.6-29.4293.10.02426.1732823790.02499

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HPJ

4hpj


解像度: 1.77→29.429 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8796 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1964 3237 5.09 %Random
Rwork0.1511 ---
obs0.1534 63561 86.83 %-
all-63561 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.26 Å2 / Biso mean: 18.7278 Å2 / Biso min: 4.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→29.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5009 0 127 928 6064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2997367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3792071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.79640.27061180.24192527264584
1.7964-1.82450.28881430.23222487263083
1.8245-1.85440.26011390.21112477261683
1.8544-1.88640.27091380.20082430256882
1.8864-1.92070.20421180.19552418253680
1.9207-1.95760.21271150.18712389250480
1.9576-1.99750.24471350.19092372250778
1.9975-2.0410.22661300.16612328245877
2.041-2.08840.21291170.15762308242578
2.0884-2.14060.21091020.15452340244277
2.1406-2.19850.20711370.14972320245777
2.1985-2.26320.191500.14822329247978
2.2632-2.33620.19891190.14872413253280
2.3362-2.41970.21371240.15052576270084
2.4197-2.51650.20871230.15592651277488
2.5165-2.63090.21231700.15742781295193
2.6309-2.76960.20241580.15522947310597
2.7696-2.94290.23691560.15422994315099
2.9429-3.16990.19981610.14629973158100
3.1699-3.48850.17511580.130530433201100
3.4885-3.99220.15131680.12530393207100
3.9922-5.02560.15531720.12130553227100
5.0256-29.43340.18851860.15683103328999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0006-0.00130.00030.00180.00030.00010.00040.00340.0029-0.0002-0.0038-0.005-0.0022-0.0052-00.04720.0070.00360.072-0.01120.0877-54.2542-18.213221.6897
20.0072-0.0072-0.00030.0061-0.00280.00080.0232-0.00640.0083-0.0174-0.03120.0219-0.0125-0.017300.00360.04270.0154-0.0014-0.02650.0596-42.9215-23.735921.3732
30.0004-0.00130.00090.0012-0.000600.00860.00530.0064-0.008-0.0038-0.0015-0.0116-0.0012-00.10110.0571-0.02350.0648-0.00940.111-48.497-9.607511.6687
40.00070.0006-0.00070.0004-0.00010.0002-0.0031-0.0026-0.00720.00090.00180.00050.0051-0.007700.0229-0.0055-0.00330.0236-0.01920.0246-30.5782-43.970612.9686
50.0008-0.0011-0.0026-0.00030.00310.0013-0.0185-0.0017-0.0089-0.0001-0.01920.00140.01320.005900.0207-0.00260.00480.0382-0.01250.019-4.8454-48.47774.8653
60.0058-0.0032-0.0074-0.00660.00780.016-0.0068-0.00480.0156-0.008-0.0218-0.0122-0.0170.0068-00.00720.00080.0360.0109-0.035-0.1466-11.8319-35.399913.6358
70.0004-0.00020.0002-0.0011-0.00080.001-0.009-0.00290.0001-0.00440.0021-0.0029-0.01610.0081-00.0274-0.01980.00240.03150.0113-0.00374.1663-31.86615.4966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 216 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 268 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 37 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 38 through 70 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 364 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 365 through 396 )B0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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