PDB-4i1y: The structure of Cysteine synthase from Mycobacterium ulcerans Agy99

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i1y

タイトル

The structure of Cysteine synthase from Mycobacterium ulcerans Agy99

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Cysteine synthase / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium ulcerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2012年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2SC 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j3w-d 5u6k-4 7ico-d 5d8d-2 4qtp-d 3t8s-1 3t8s-2 3se7-3 1zqj-d 8icv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyulA.01147.b

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

B: Cysteine synthase

C: Cysteine synthase

D: Cysteine synthase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cysteine synthase

D: Cysteine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Cysteine synthase

C: Cysteine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.965, 77.900, 87.101
Angle α, β, γ (deg.)	114.210, 104.860, 94.370
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cysteine synthase 分子量: 32821.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア) 株: Agy99 / 遺伝子: cysK1, MUL_1465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PNS1, cysteine synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 27.42 mg/ml MyulA.01147.b, 20% PEG3350, 200mM sodium sulfate, bis-tris propane pH 6.5, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 40349 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	3.3	0.432	1803	0.928	1	89.3
2.64-2.69	3.3	0.411	1912	0.946	1	92
2.69-2.74	3.4	0.375	1936	0.97	1	95.2
2.74-2.8	3.5	0.337	2061	0.928	1	97.8
2.8-2.86	3.5	0.295	1990	0.963	1	98.1
2.86-2.93	3.6	0.25	2042	0.989	1	98.4
2.93-3	3.6	0.224	2050	1.018	1	98.6
3-3.08	3.6	0.183	2034	1.074	1	98.6
3.08-3.17	3.6	0.154	2008	1.046	1	98.7
3.17-3.28	3.6	0.119	2074	1.081	1	98.8
3.28-3.39	3.6	0.094	2016	1.089	1	98.9
3.39-3.53	3.6	0.076	2035	0.941	1	98.8
3.53-3.69	3.6	0.06	2064	0.942	1	99
3.69-3.88	3.6	0.045	2030	1.045	1	99.1
3.88-4.13	3.6	0.039	2045	0.814	1	99.2
4.13-4.45	3.6	0.034	2027	1.092	1	99.2
4.45-4.89	3.6	0.031	2065	0.905	1	99.4
4.89-5.6	3.5	0.031	2051	1.052	1	99.5
5.6-7.05	3.5	0.027	2047	0.928	1	99.7
7.05-50	3.7	0.02	2059	0.842	1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.59 Å	48.67 Å
Translation	2.59 Å	48.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RR2

3rr2

解像度: 2.6→48.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / WR_factor R_free: 0.2889 / WR_factor R_work: 0.2564 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7749 / SU B: 27.388 / SU ML: 0.264 / SU R Cruickshank DPI: 0.6635 / SU R_free: 0.3461 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2935	2029	5 %	RANDOM
R_work	0.2611	-	-	-
obs	0.2626	40348	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 304.34 Å² / B_iso mean: 82.3106 Å² / B_iso min: 57.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.28 Å²	1.2 Å²	1.04 Å²
2-	-	-3.55 Å²	1.66 Å²
3-	-	-	2.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7445	0	13	44	7502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	7567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.977	10322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.2	3	16359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.739	5	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.103	24.138	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.78	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.449	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1515

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.662 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	118	-
R_work	0.344	2507	-
all	-	2625	-
obs	-	-	85.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0362	0.0101	0.4167	1.8282	-0.5499	2.18	-0.0151	-0.0324	-0.2547	0.2336	-0.016	0.0412	-0.1026	-0.0865	0.0312	0.7698	0.0004	0.0907	0.8362	0.0397	0.7323	13.2382	45.4458	-4.4634
2	3.9095	1.1972	-1.5001	2.4301	-0.3825	3.1994	-0.0238	-0.2808	-0.0245	0.2612	-0.0894	-0.2935	-0.1409	-0.101	0.1131	0.83	-0.0502	0.0198	0.8959	0.1471	0.634	17.4169	40.2901	16.1627
3	2.5109	-0.123	0.2647	3.265	-0.5789	1.1759	0.0218	-0.0959	0.1971	0.5042	-0.0041	0.0866	-0.3368	-0.0293	-0.0177	0.8636	0.0071	0.113	0.829	0.0677	0.6631	8.949	57.6299	-5.8165
4	3.9873	1.0125	-0.5511	6.059	-0.1798	0.6394	0.1853	-0.3695	0.1227	0.9738	-0.1579	0.589	-0.1682	-0.4228	-0.0274	0.8043	0.0402	0.2375	0.9714	0.024	0.7418	-5.9896	50.1464	-3.8686
5	3.635	0.5975	1.8912	3.11	0.5373	3.0061	-0.3367	-0.3372	0.8695	0.2052	-0.1253	0.1524	-0.5059	-0.2214	0.462	0.8122	0.0708	0.004	0.8365	-0.0539	0.8228	1.5319	20.2267	46.2889
6	4.3868	-0.4421	6.3406	5.4922	0.0629	9.9097	-2.0931	-3.8252	0.1905	0.4164	1.1614	4.4566	-2.6498	-5.1164	0.9317	1.3856	1.5041	0.1323	4.2179	0.5142	4.2383	-15.0138	26.5658	32.8706
7	4.0329	-1.7649	0.306	4.0837	0.6484	5.4467	0.2998	0.9266	0.2739	-0.9369	-0.4362	1.9763	-2.0831	-2.5442	0.1364	1.4718	0.9992	-0.2319	2.442	0.2567	2.0419	-10.3667	34.9306	24.5459
8	2.063	-1.3265	0.4791	4.5566	-0.1574	1.6224	-0.6543	-0.3023	1.0472	1.1119	0.1169	-1.346	-0.616	0.1357	0.5374	1.1197	-0.031	-0.5593	0.8546	-0.0843	1.2695	4.6257	32.7505	52.89
9	1.6822	0.0798	-0.1121	1.4875	-0.4613	1.5108	-0.0423	0.0716	-0.2086	-0.1835	0.0418	-0.2282	0.2963	0.2625	0.0005	0.7845	0.0507	0.0889	0.9109	0.0265	0.7272	7.9107	8.9411	39.8446
10	7.4067	-0.4101	-2.5996	2.6525	-0.0565	1.6332	-0.6622	-1.5508	-1.3085	0.1246	0.1615	-1.3772	0.1787	0.9628	0.5008	0.8182	0.1241	0.118	1.5678	0.407	1.5829	25.2105	15.2208	30.665
11	20.1707	-9.4157	-8.4421	6.6828	5.3922	4.4972	-1.9627	4.0463	-3.6434	1.7665	-0.3389	2.7714	1.142	-0.6889	2.3016	1.7415	-0.3207	0.6162	2.9676	-0.9162	2.1672	3.3415	-2.1235	42.4274
12	3.7399	-1.527	-1.6551	1.9553	1.0457	2.9977	0.1334	1.7566	-1.655	-0.0807	-0.7172	0.6696	0.424	-0.8268	0.5837	0.6609	0.0195	-0.0901	1.5596	-0.7198	1.3566	-0.8293	-0.3782	27.2541
13	1.6198	-0.7836	-0.2071	2.3827	-0.102	1.3225	0.0005	0.1925	-0.2298	-0.0891	0.0008	0.2187	-0.0022	-0.1999	-0.0013	0.7363	-0.0419	0.1166	0.864	0.0431	0.7536	13.0706	31.77	-14.0002
14	2.5209	-0.1495	3.4372	8.3254	3.157	6.7618	-0.1703	0.1889	-0.5161	0.6815	0.0086	0.1525	0.3109	0.1382	0.1617	0.7369	-0.1139	0.2726	0.936	0.0763	1.1053	-4.038	21.7214	-8.3201
15	10.1458	-1.5538	-0.9127	2.7513	6.7467	18.8226	0.2215	-0.4959	-0.5682	0.2274	0.2638	-0.2094	1.6611	-0.4738	-0.4853	1.1009	-0.3208	-0.0464	0.9572	-0.1497	1.5848	-8.0313	13.2965	-16.0736
16	1.0316	-0.5441	-0.2511	1.5988	0.1816	2.459	-0.0036	-0.0336	-0.2474	0.0781	-0.0348	0.004	0.3645	0.0466	0.0384	0.7175	-0.0119	0.0746	0.8002	0.0788	0.8058	24.4945	21.2165	-12.1644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	142 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	198 - 295
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	51 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	93 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	142 - 296
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	68 - 142
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	150 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	170 - 297
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	-1 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	64 - 121
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	122 - 142
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	150 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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