+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3se7 | ||||||
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Title | ancient VanA | ||||||
Components | VanA | ||||||
Keywords | LIGASE / alpha-beta structure / D-alanine-D-lactate ligase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.07 Å | ||||||
Authors | Wright, G.D. / Morar, M. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: Antibiotic resistance is ancient. Authors: D'Costa, V.M. / King, C.E. / Kalan, L. / Morar, M. / Sung, W.W. / Schwarz, C. / Froese, D. / Zazula, G. / Calmels, F. / Debruyne, R. / Golding, G.B. / Poinar, H.N. / Wright, G.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3se7.cif.gz | 733.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3se7.ent.gz | 609.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3se7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3se7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3se7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 37033.844 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Gene: VanA / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) #2: Chemical | ChemComp-ATP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1M sodium acetate, 25% PEG3000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 5, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.07→108.1 Å / Num. all: 38900 / Num. obs: 38823 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 3.07→3.12 Å / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.07→108.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 48.182 / SU ML: 0.392 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.808 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.07→108.1 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 2341 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.07→3.15 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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