PDB-1xmm: Structure of human Dcps bound to m7GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xmm

タイトル

Structure of human Dcps bound to m7GDP

要素

heat shock-like protein 1

キーワード

CHAPERONE / scavenger decapping enzyme bound m7GDP

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, N. / Song, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of human DcpS in ligand-free and m7GDP-bound forms suggest a dynamic mechanism for scavenger mRNA decapping.
著者: Chen, N. / Walsh, M.A. / Liu, Y. / Parker, R. / Song, H.

履歴

登録	2004年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xmm.cif.gz	256.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xmm.ent.gz	205.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xmm_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xmm_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	1xmm_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	1xmm_validation.cif.gz	66.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xmlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qde-1 1st0-d 4qde-2 1jil-1 1e6e-1 4a8y-3 4hkj-4 6fa5-d 4qdv-1 3bla-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (10) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (10) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

B: heat shock-like protein 1

A: heat shock-like protein 1

C: heat shock-like protein 1

D: heat shock-like protein 1

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: heat shock-like protein 1

A: heat shock-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: heat shock-like protein 1

D: heat shock-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.928, 105.140, 138.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Functional unit is dimer. There are two functional units in the assymmetric unit

#1: タンパク質	heat shock-like protein 1 / Dcps 分子量: 39074.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6p-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 30138167, UniProt: Q96C86*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-G7M / N7-METHYL-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 378.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₅O₈P
#4: 化合物	ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 458.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₁P₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: PEG3350, KH2PO4, NaCl, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9997 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月25日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→32.6 Å / Num. all: 51115 / Num. obs: 51097 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 9.05 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.611 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26695	2509	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21353	-	-	-
all	0.216	48479	-	-
obs	0.21615	48479	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.474 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9561	0	128	419	10108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	9920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.977	13479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	20961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.797	5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	10519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	5997
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.419	1.5	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.803	2	9394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.045	3	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.851	4.5	4085

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.332	160
R_work	0.246	3082

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0629	0.107	0.1539	0.8194	-0.0279	0.2404	-0.0361	0.0372	0.0158	-0.0505	-0.0097	-0.0173	-0.027	0.0144	0.0458	0.116	0.005	-0.0006	0.1044	-0.0044	0.1083	34.7032	40.518	24.3861
2	1.99	-0.0571	0.2248	0.5725	-0.3692	0.396	-0.004	0.0088	-0.1126	0.0034	0.0744	0.003	0.0364	-0.01	-0.0703	0.0998	-0.0015	-0.0025	0.0977	0.0116	0.1038	46.1755	23.5932	41.6582
3	1.8768	0.2954	-0.1979	0.4491	-0.2613	0.3257	0.0035	-0.0287	0.1398	0.0537	0.0786	0.0128	-0.0271	0.0032	-0.082	0.0975	-0.0068	-0.0002	0.1233	0.0071	0.1011	96.6014	32.7196	26.7681
4	0.9221	-0.0968	-0.2629	0.8216	0.0958	0.465	-0.035	-0.0732	-0.0097	0.0274	-0.011	0.0018	0.0304	0.0182	0.046	0.1104	-0.003	-0.0125	0.0986	0.0121	0.1154	85.2584	16.2081	44.3794
5	1.0755	-0.1479	-0.0938	1.9606	-0.3887	1.1229	-0.0765	0.0218	-0.2243	-0.0851	0.0616	-0.0732	0.1972	0.047	0.0148	0.1417	-0.0067	0.0629	0.1263	-0.0632	0.0837	41.1937	18.9646	7.0344
6	0.8548	0.4054	0.0463	2.7528	-0.3186	1.1968	-0.1235	-0.0449	0.2406	0.0063	0.0808	0.0732	-0.1782	0.1421	0.0427	0.1387	-0.0416	-0.0878	0.1275	-0.0257	0.0791	91.9103	38.1554	60.6742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	146 - 336	151 - 341
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	A	146 - 336	151 - 341
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	146 - 336	151 - 341
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	146 - 336	151 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	B	40 - 145	45 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	A	40 - 145	45 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	39 - 145	44 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	6	D	D	40 - 145	45 - 150

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)