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万見
- PDB-4hh9: Anti-Human Cytomegalovirus (HCMV) Fab KE5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hh9
タイトルAnti-Human Cytomegalovirus (HCMV) Fab KE5
要素
  • Fab KE5, heavy chain
  • Fab KE5, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bryson, S. / Risnes, L. / Damgupta, S. / Thomson, C.A. / Pfoh, R. / Schrader, J.W. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structures of Preferred Human IgV Genes-Based Protective Antibodies Identify How Conserved Residues Contact Diverse Antigens and Assign Source of Specificity to CDR3 Loop Variation.
著者: Bryson, S. / Thomson, C.A. / Risnes, L.F. / Dasgupta, S. / Smith, K. / Schrader, J.W. / Pai, E.F.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab KE5, light chain
B: Fab KE5, heavy chain
C: Fab KE5, light chain
D: Fab KE5, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7434
ポリマ－97,7434
非ポリマー00
水12,376687
1
A: Fab KE5, light chain
B: Fab KE5, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8722
ポリマ－48,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
2
C: Fab KE5, light chain
D: Fab KE5, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8722
ポリマ－48,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.860, 79.470, 86.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab KE5, light chain


分子量: 23471.064 Da / 分子数: 2 / 断片: KE5 Light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab KE5, heavy chain


分子量: 25400.516 Da / 分子数: 2 / 断片: KE5 Heavy Chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.05M Bis-Tris, pH 5.5, 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43 Å / Num. all: 100764 / Num. obs: 97584 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.33 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.04
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 7.37 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 7970 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EYF

3eyf


解像度: 1.7→43 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.224 4766 RANDOM
Rwork0.217 --
all0.217 100740 -
obs0.217 95831 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6744 0 0 687 7431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00412
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.36103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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