PDB-4gib: 2.27 Angstrom Crystal Structure of beta-Phosphoglucomutase (pgmB)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gib

タイトル

2.27 Angstrom Crystal Structure of beta-Phosphoglucomutase (pgmB) from Clostridium difficile

要素

Beta-phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / Rossmann fold / HAD-like / beta-Phosphoglucomutase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A high-throughput structural system biology approach to increase structure representation of proteins from Clostridioides difficile.
著者: Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / ...

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2026年2月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gib.cif.gz	200.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gib.ent.gz	160.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sd7C 3srtC 3uuwC 4dd5C 4dgtC 4dq6C 4dunC 4e1lC 4eguC 4h3dC 4isxC 4jjpC 4kd5C 4mfgC 4nmyC 4rn7C 5dzsC 5ttaC 5tv7C 5txuC 6n7mC 6ue2C 6wy4C 7k1uC 7rl8C 7rlrC 1z4nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q39-1 1rlt-2 4q3b-3 1rlo-1 1rlt-3 1bvb-d 4j4h-2 1rlm-3 4q3c-1 1rlo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp05298

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-phosphoglucomutase

B: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-phosphoglucomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.807, 51.364, 79.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-phosphoglucomutase / Beta-D-Glucose 1 / 6-phosphomutase 分子量: 28264.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_21890, pgmB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q185X7, beta-phosphoglucomutase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein: 7.6mg/mL, 0.25M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl, pH 8.3. Screen: PACT (A3), 0.1M SPG buffer, pH 6.0, 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→30 Å / Num. all: 21526 / Num. obs: 21526 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1055 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z4N

1z4n

解像度: 2.27→29.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 9.788 / SU ML: 0.114
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25911	1099	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1928	-	-	-
all	0.1962	20343	-	-
obs	0.1962	20343	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.299 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	2.12 Å²
2-	-	-1.64 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3546	0	34	170	3750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.963	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.797	3	6127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.381	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.724	25.801	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.313	15	691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.186	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.998	1.5	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.286	1.5	930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.723	2	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.114	3	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.55	4.5	1340

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.329 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	67	-
R_work	0.227	1442	-
obs	-	1442	95.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5972	-1.0876	-0.6491	3.7405	0.9899	2.1697	-0.0628	0.0795	-0.065	-0.0988	0.033	0.2367	0.0567	0.121	0.0299	0.0132	-0.0142	-0.0059	0.0756	-0.0174	0.0474	0.9618	0.785	23.1136
2	3.5398	0.3638	0.6867	5.0956	2.3532	2.6951	-0.0151	0.2959	0.1136	-0.5872	-0.062	0.0116	-0.251	-0.111	0.0771	0.0768	0.0221	0.0135	0.0595	0.0257	0.0284	4.7344	17.0523	32.0551
3	10.054	4.8036	6.5636	2.3017	3.1725	6.379	0.0687	-0.4913	0.0629	0.029	-0.2254	0.013	-0.1786	-0.3724	0.1566	0.0547	0.0016	-0.0082	0.1017	0.0044	0.0904	-1.2765	10.8566	40.1627
4	1.0909	0.1083	0.2641	0.5366	0.678	1.4672	0.0146	-0.0345	-0.108	-0.007	-0.0133	0.0716	0.1388	-0.0711	-0.0012	0.0519	-0.0034	0.002	0.0165	0.0154	0.0769	3.2057	-6.9821	25.7749
5	2.4926	-0.2549	-0.1181	2.4539	0.0965	3.4963	0.1064	0.3714	0.1004	-0.3038	-0.1385	-0.1282	0.0706	0.0394	0.0321	0.048	0.0123	0.0193	0.1103	0.0212	0.0103	10.3602	-3.5343	11.6162
6	1.1112	0.3284	0.4072	4.1432	-2.4121	1.785	0.0826	0.0498	-0.1661	0.1547	-0.1616	-0.2688	-0.1227	0.0879	0.0791	0.1353	0.0295	0.0248	0.101	-0.0226	0.1104	-19.9852	14.7787	21.0806
7	2.9059	0.8041	-0.603	5.8272	-2.1418	5.8113	0.2248	0.2157	-0.0205	0.2074	0.0765	0.2616	-0.3632	-0.2671	-0.3013	0.0362	0.0244	0.0232	0.0491	-0.0021	0.1447	-30.7273	8.2524	26.5122
8	1.586	0.0826	0.1653	1.9828	-0.3529	1.8457	-0.0237	-0.0216	0.0491	0.2419	-0.0237	0.0619	-0.1607	-0.0873	0.0474	0.0481	0.0068	0.0115	0.0159	-0.0076	0.0157	-21.8993	28.565	20.8167
9	5.8074	0.6983	-2.0305	4.1931	0.8707	3.6677	-0.1383	0.1996	-0.3257	-0.4946	-0.1671	0.116	0.217	-0.2991	0.3053	0.1465	-0.0044	-0.005	0.1376	-0.0222	0.0352	-24.7901	23.6251	5.4432
10	8.9817	-4.2763	2.7856	6.6113	-1.6371	5.3602	0.1896	0.8064	0.4034	-0.8031	-0.2292	-0.2506	0.0272	0.1206	0.0396	0.2378	-0.0045	0.0718	0.2039	0.0141	0.0477	-17.0469	31.2627	0.8646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	65 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	162 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	40 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	77 - 161
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	162 - 199
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	200 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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