[日本語] English
万見
- PDB-4fql: Influenza B HA Antibody (Fab) CR8033 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fql
タイトルInfluenza B HA Antibody (Fab) CR8033
要素
  • monoclonal antibody CR8033 heavy chain
  • monoclonal antibody CR8033 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment / monoclonal / viral / immunoglobulin / Influenza B virus
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Dreyfus, C. / Laursen, N.S. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Highly conserved protective epitopes on influenza B viruses.
著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / ...著者: Cyrille Dreyfus / Nick S Laursen / Ted Kwaks / David Zuijdgeest / Reza Khayat / Damian C Ekiert / Jeong Hyun Lee / Zoltan Metlagel / Miriam V Bujny / Mandy Jongeneelen / Remko van der Vlugt / Mohammed Lamrani / Hans J W M Korse / Eric Geelen / Özcan Sahin / Martijn Sieuwerts / Just P J Brakenhoff / Ronald Vogels / Olive T W Li / Leo L M Poon / Malik Peiris / Wouter Koudstaal / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Jaap Goudsmit / Robert H E Friesen /
要旨: Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. ...Identification of broadly neutralizing antibodies against influenza A viruses has raised hopes for the development of monoclonal antibody-based immunotherapy and "universal" vaccines for influenza. However, a substantial part of the annual flu burden is caused by two cocirculating, antigenically distinct lineages of influenza B viruses. Here, we report human monoclonal antibodies, CR8033, CR8071, and CR9114, that protect mice against lethal challenge from both lineages. Antibodies CR8033 and CR8071 recognize distinct conserved epitopes in the head region of the influenza B hemagglutinin (HA), whereas CR9114 binds a conserved epitope in the HA stem and protects against lethal challenge with influenza A and B viruses. These antibodies may inform on development of monoclonal antibody-based treatments and a universal flu vaccine for all influenza A and B viruses.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: monoclonal antibody CR8033 heavy chain
L: monoclonal antibody CR8033 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7642
ポリマ－48,7642
非ポリマー00
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
2
H: monoclonal antibody CR8033 heavy chain
L: monoclonal antibody CR8033 light chain

H: monoclonal antibody CR8033 heavy chain
L: monoclonal antibody CR8033 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5294
ポリマ－97,5294
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area38590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.200, 55.000, 80.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-310-

HOH

-
要素

#1: 抗体 monoclonal antibody CR8033 heavy chain


分子量: 25381.422 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体 monoclonal antibody CR8033 light chain


分子量: 23382.951 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM zinc acetate, 10% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→69.113 Å / Num. all: 40203 / Num. obs: 40203 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.898→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N9G

3n9g


解像度: 1.898→40.245 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1999 4.98 %
Rwork0.1944 --
obs0.1962 40102 98.61 %
all-42101 -
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.348 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.792 Å20 Å27.0118 Å2
2--7.3507 Å2-0 Å2
3----1.5587 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→40.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 0 305 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1774629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3271224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8984-1.94580.30461380.24192611X-RAY DIFFRACTION94
1.9458-1.99840.26511390.21342667X-RAY DIFFRACTION99
1.9984-2.05720.21661420.20122717X-RAY DIFFRACTION99
2.0572-2.12360.2291420.20242708X-RAY DIFFRACTION99
2.1236-2.19950.25171420.19132705X-RAY DIFFRACTION99
2.1995-2.28760.24451440.19342725X-RAY DIFFRACTION99
2.2876-2.39170.2141420.19612732X-RAY DIFFRACTION99
2.3917-2.51780.26811430.20092723X-RAY DIFFRACTION99
2.5178-2.67550.24211420.20362707X-RAY DIFFRACTION99
2.6755-2.8820.26391450.20812750X-RAY DIFFRACTION99
2.882-3.17190.21661430.19712734X-RAY DIFFRACTION99
3.1719-3.63070.21891430.18772735X-RAY DIFFRACTION99
3.6307-4.57320.20641460.16692767X-RAY DIFFRACTION99
4.5732-40.25370.22611480.20032822X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3901-0.43660.27180.93510.00270.7047-0.02150.08790.1240.01610.0357-0.1075-0.0121-0.0619-00.1818-0.0034-0.01370.16780.01240.2211-5.642-13.179925.1769
20.81220.19070.05330.5237-0.07490.6942-0.056-0.2624-0.0905-0.01340.0337-0.01170.03470.1289-0.00040.23350.07380.03420.27950.06170.24130.4152-35.651352.9828
30.5398-0.2216-0.62970.4573-0.04531.1614-0.06050.1112-0.01460.0845-0.01040.03570.0659-0.0927-00.1913-0.0039-0.02220.2255-0.00830.1616-6.2311-31.811411.618
40.4825-0.16660.43410.6740.48360.6564-0.1265-0.1851-0.22520.0644-0.03080.20350.1564-0.015200.27320.0430.06480.20670.04380.3386-10.4769-43.85844.6486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain L and resid 1:108
2X-RAY DIFFRACTION2chain L and resid 109:213
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:118
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 119:216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る