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Yorodumi- PDB-4fnk: Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza viru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fnk | |||||||||
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Title | Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin | |||||||||
Components | (Hemagglutinin ...) x 2 | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / viral fusion protein / virus attachment and entry | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.901 Å | |||||||||
Authors | Ekiert, D.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: Cross-neutralization of influenza A viruses mediated by a single antibody loop. Authors: Damian C Ekiert / Arun K Kashyap / John Steel / Adam Rubrum / Gira Bhabha / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Michael A Dillon / Ryann E O'Neil / Aleksandr M Faynboym / Michael Horowitz / ...Authors: Damian C Ekiert / Arun K Kashyap / John Steel / Adam Rubrum / Gira Bhabha / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Michael A Dillon / Ryann E O'Neil / Aleksandr M Faynboym / Michael Horowitz / Lawrence Horowitz / Andrew B Ward / Peter Palese / Richard Webby / Richard A Lerner / Ramesh R Bhatt / Ian A Wilson / Abstract: Immune recognition of protein antigens relies on the combined interaction of multiple antibody loops, which provide a fairly large footprint and constrain the size and shape of protein surfaces that ...Immune recognition of protein antigens relies on the combined interaction of multiple antibody loops, which provide a fairly large footprint and constrain the size and shape of protein surfaces that can be targeted. Single protein loops can mediate extremely high-affinity binding, but it is unclear whether such a mechanism is available to antibodies. Here we report the isolation and characterization of an antibody called C05, which neutralizes strains from multiple subtypes of influenza A virus, including H1, H2 and H3. X-ray and electron microscopy structures show that C05 recognizes conserved elements of the receptor-binding site on the haemagglutinin surface glycoprotein. Recognition of the haemagglutinin receptor-binding site is dominated by a single heavy-chain complementarity-determining region 3 loop, with minor contacts from heavy-chain complementarity-determining region 1, and is sufficient to achieve nanomolar binding with a minimal footprint. Thus, binding predominantly with a single loop can allow antibodies to target small, conserved functional sites on otherwise hypervariable antigens. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fnk.cif.gz | 647.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fnk.ent.gz | 535.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fnk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2138C 2139C 2140C 4fnlC 4fp8C 4fqrC 2viuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 6 molecules ACEBDF
#1: Protein | Mass: 35506.949 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 27-345 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): High Five / References: UniProt: Q91MA7 #2: Protein | Mass: 20041.131 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 346-519 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / Strain (production host): High Five / References: UniProt: Q91MA7 |
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-Sugars , 5 types, 16 molecules
#3: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||
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#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 1715 molecules
#8: Chemical | ChemComp-SO4 / #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | HEMAGGLUTI |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.15 Å3/Da / Density % sol: 70.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 1.066 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.066 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 215875 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.3 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2VIU Resolution: 1.901→43.064 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.33 / Phase error: 16.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.124 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.901→43.064 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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