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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eye
タイトルCrystal structure of a probable oxidoreductase from Mycobacterium abscessus solved by iodide ion SAD
要素Probable oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / FadB4 ortholog / virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Probable oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / : 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable oxidoreductase
B: Probable oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,17122
ポリマ-71,6502
非ポリマー2,52120
5,116284
1
A: Probable oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,33913
ポリマ-35,8251
非ポリマー1,51412
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8329
ポリマ-35,8251
非ポリマー1,0078
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.640, 46.340, 84.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 321 / Label seq-ID: 20 - 342

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Probable oxidoreductase


分子量: 35825.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_4603c / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1ML27
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / : I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MyabA.01189.a.A1 PS00933 at 28 mg/mL supplemented with 0.5 M KI against Morpheus screen condition D4, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.02 M alcohols, ...詳細: MyabA.01189.a.A1 PS00933 at 28 mg/mL supplemented with 0.5 M KI against Morpheus screen condition D4, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.02 M alcohols, crystal tracking ID 233762d4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection: 254775 / Rmerge(I) obs: 0.06 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 68977 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
6.649.39142499.910.029
5.426.64184799.910.033
4.75.42212899.810.034
4.24.7241898.410.034
3.834.227119910.037
3.553.83293799.510.038
3.323.55318899.710.042
3.133.32335099.610.049
2.973.13360299.910.059
2.832.97374399.910.07
2.712.83391299.610.085
2.62.71409499.910.102
2.512.6434299.710.137
2.422.51434299.610.165
2.352.42453899.810.193
2.282.35472099.810.239
2.212.28483699.610.274
2.152.21502999.710.322
2.12.15506299.810.433
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 35785 / Num. obs: 35731 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 36.245 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.46
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.150.4741831025981100
2.15-2.210.355.351837425781100
2.21-2.280.2976.24176622483199.8
2.28-2.350.2617.15174082419199.9
2.35-2.420.2128.611682523331100
2.42-2.510.1839.94160712233199.9
2.51-2.60.15311.49161702237199.9
2.6-2.710.11614.681526921081100
2.71-2.830.09816.94146082018199.9
2.83-2.970.08219.651395819301100
2.97-3.130.0722.421347818621100
3.13-3.320.05926.28124331739199.9
3.32-3.550.0529.61175016561100
3.55-3.830.04632.04107681534199.9
3.83-4.20.04633.6597461418199.3
4.2-4.70.04334.7184421274198.8
4.7-5.420.04634.98793811241100
5.42-6.640.0535.0170009831100
6.64-9.390.04437.1754137711100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.1 Å / D res low: 42 Å / FOM : 0.334 / FOM acentric: 0.348 / FOM centric: 0.134 / 反射: 35647 / Reflection acentric: 33229 / Reflection centric: 2249
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.41-10.20.3990.4620.11626021148
7.32-8.410.4750.5320.15530125546
6.57-7.320.4830.5250.19632628442
6.01-6.570.4860.5360.1836731650
5.57-6.010.5080.550.19841336449
5.22-5.570.4750.5080.20842137545
4.92-5.220.4680.5030.12946041743
4.67-4.920.4540.4940.12946541547
4.46-4.670.3980.4340.151045645
4.27-4.460.4350.470.1151746843
4.1-4.270.3960.4330.07154448948
3.96-4.10.4090.4340.12253949638
3.82-3.960.4170.4450.10957052242
3.7-3.820.4160.4470.10461355650
3.59-3.70.4250.4520.08261457042
3.49-3.590.4160.4450.08463758747
3.4-3.490.4270.4520.11465660944
3.31-3.40.4120.4410.0864959845
3.23-3.310.4070.4330.09670665248
3.16-3.230.4020.4210.14971266345
3.09-3.160.4060.4260.16767562349
3.03-3.090.4050.4210.1275371438
2.97-3.030.4040.4250.11475570450
2.91-2.970.3960.4110.12373669640
2.85-2.910.3890.4070.12379574351
2.8-2.850.3730.3870.11879375238
2.75-2.80.3880.4050.14779974747
2.71-2.750.3690.3810.18380575744
2.66-2.710.3570.370.1486181049
2.62-2.660.3490.360.12383779839
2.58-2.620.3250.3380.12883978649
2.55-2.580.3250.3330.1786382437
2.51-2.550.3090.320.14291686049
2.47-2.510.3020.3120.08887182839
2.44-2.470.2870.2950.14690985650
2.41-2.440.2880.2970.1492086844
2.38-2.410.2720.2780.16694489348
2.35-2.380.2640.270.15991586744
2.32-2.350.2530.260.10794890342
2.29-2.320.2450.250.14797492846
2.26-2.290.2320.2380.11799294444
2.24-2.260.2390.2430.17997091944
2.21-2.240.2250.2280.155100895747
2.19-2.210.2170.220.142100996740
2.17-2.190.2120.2160.134102296648
2.14-2.170.2060.210.128104599247
2.12-2.140.2030.2060.10399495040
2.1-2.120.1950.1980.151073102247

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2326 / WRfactor Rwork: 0.1841 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.8703 / SU B: 7.68 / SU ML: 0.115 / SU R Cruickshank DPI: 0.2232 / SU Rfree: 0.1876 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 1790 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1875 35731 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.25 Å2 / Biso mean: 32.9471 Å2 / Biso min: 12.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0.2 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4434 0 34 284 4752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.9816181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09637157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1355616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83223.654156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52915642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1061527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02882
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 9340 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.08 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 106 -
Rwork0.22 2366 -
all-2472 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1304-0.0148-0.02350.84970.05390.77280.01980.06290.039-0.0118-0.0537-0.0343-0.0439-0.03460.03390.1594-0.01050.00940.16010.0110.192668.308124.01677.5284
20.8567-0.350.24330.16310.01290.7921-0.0414-0.0812-0.00060.03290.03520.01810.08450.06240.00610.2096-0.01920.0020.17480.00370.151781.21827.034323.2523
30.43172.6699-1.144916.8318-7.19263.07610.4108-0.0444-0.00492.1114-0.5244-0.217-0.93230.22720.11360.6502-0.02180.09170.46880.18350.1394.151414.917733.4793
40.6092-0.4056-0.01130.5171-0.15610.5091-0.0576-0.02740.0010.0681-0.00320.013-0.02870.0520.06080.1732-0.03440.00150.1508-0.00450.156778.711812.684617.9517
51.22540.7054-0.25890.4174-0.23040.90070.082-0.2346-0.05560.0585-0.1149-0.01550.067-0.12510.03280.2059-0.04590.03750.1540.00310.174851.58846.155435.9353
62.3285-0.26850.37250.4008-0.20840.1473-0.21740.48240.11030.03020.1649-0.10150.0095-0.04770.05240.1776-0.1286-0.02370.29290.01760.163740.026910.88614.9849
75.6136-1.289-0.46242.08730.43690.1045-0.37670.44750.74320.61790.29290.37310.11010.05730.08380.2653-0.04020.00630.33580.28170.43625.481219.263912.6935
82.03040.38040.34180.1784-0.07790.3548-0.1032-0.02320.0042-0.04150.0857-0.0222-0.0146-0.02920.01750.1715-0.06550.01580.1609-0.01460.151143.65758.961622.755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2A99 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3A218 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4A225 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5B-1 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6B99 - 198
7X-RAY DIFFRACTION7B199 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8B253 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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