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- PDB-5dwk: Diacylglycerol Kinase solved by multi crystal multi orientation n... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dwk | ||||||
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Title | Diacylglycerol Kinase solved by multi crystal multi orientation native SAD | ||||||
![]() | Diacylglycerol kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / native SAD / DAGK / multi crystal / multi orientation | ||||||
Function / homology | ![]() diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weinert, T. / Olieric, V. / Finke, A.D. / Li, D. / Caffrey, M. / Wang, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Data-collection strategy for challenging native SAD phasing. Authors: Olieric, V. / Weinert, T. / Finke, A.D. / Anders, C. / Li, D. / Olieric, N. / Borca, C.N. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Jinek, M. / Wang, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 238.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 195 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 14204.451 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 2-122 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 53 molecules ![](data/chem/img/78N.gif)
![](data/chem/img/78M.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/78M.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-78N / ( #3: Chemical | ChemComp-78M / ( #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Chemical | ChemComp-CIT / | #7: Chemical | ChemComp-ACT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 5.6 Details: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 ...Details: 3-5 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 0.06 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREE CELSIUS WITH THE 7.8 MONOACYLGLYCEROL (7.8 MAG) AS THE HOSTING LIPID. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 2.0664 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 58770 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 142.9 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Net I/σ(I): 36.46 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Redundancy: 55.85 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / % possible all: 96.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.601→45.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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