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- PDB-5fq5: Crystal structure of Cas9-sgRNA-DNA complex solved by native SAD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fq5
タイトルCrystal structure of Cas9-sgRNA-DNA complex solved by native SAD phasing
要素
  • (TARGET DNA STRAND ...) x 2
  • CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1
  • NON-TARGET DNA STRAND
  • SGRNA
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / CRISPR / CAS9 / GENOME EDITING / PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.136 Å
データ登録者Olieric, V. / Weinert, T. / Finke, A. / Anders, C. / Jinek, M. / Wang, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Data-Collection Strategy for Challenging Native Sad Phasing.
著者: Olieric, V. / Weinert, T. / Finke, A.D. / Anders, C. / Li, D. / Olieric, N. / Borca, C.N. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Jinek, M. / Wang, M.
履歴
登録2015年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SGRNA
B: CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1
C: TARGET DNA STRAND PROXIMAL FRAGMENT
D: NON-TARGET DNA STRAND
E: TARGET DNA STRAND DISTAL FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,47120
ポリマ－197,9145
非ポリマー55715
水19,9611108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22520 Å2
ΔGint-181.2 kcal/mol
Surface area74720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.740, 67.570, 188.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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TARGET DNA STRAND ... , 2種, 2分子 CE

#3: DNA鎖 TARGET DNA STRAND PROXIMAL FRAGMENT


分子量: 3295.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: DNA鎖 TARGET DNA STRAND DISTAL FRAGMENT


分子量: 5215.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
RNA鎖 / タンパク質 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABD

#1: RNA鎖 SGRNA


分子量: 27118.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: タンパク質 CRISPR-ASSOCIATED ENDONUCLEASE CAS9/CSN1 / SPYCAS9


分子量: 158875.031 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
遺伝子: CAS9, CSN1, SPY_1046 / プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: DNA鎖 NON-TARGET DNA STRAND


分子量: 3410.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 1123分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細D10A, H840A POINT MUTATIONS WERE INTRODUCED TO GENERATE CATALYTICALLY INACTIVE ENZYME N-TERMINAL ...D10A, H840A POINT MUTATIONS WERE INTRODUCED TO GENERATE CATALYTICALLY INACTIVE ENZYME N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM THE EPXRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: ACTUAL RMEAS FOR HIGHEST RESOLUTION SHELL IS 1.729
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.066
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 113763 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0.76 / 冗長度: 148.1 % / Biso Wilson estimate: 40.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 28.61
反射 シェル解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.136→47.906 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 3834 1.8 %
Rwork0.1909 --
obs0.1915 113763 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.136→47.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10774 2466 15 1108 14363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113802
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65719038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.218079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.136-2.16310.476740.44664538X-RAY DIFFRACTION54
2.1631-2.19150.5131020.40016220X-RAY DIFFRACTION76
2.1915-2.22160.411400.34927700X-RAY DIFFRACTION93
2.2216-2.25330.32291430.29957881X-RAY DIFFRACTION96
2.2533-2.28690.29661430.26597958X-RAY DIFFRACTION97
2.2869-2.32270.29821440.24798094X-RAY DIFFRACTION98
2.3227-2.36080.34651460.23678105X-RAY DIFFRACTION99
2.3608-2.40150.29311480.23088225X-RAY DIFFRACTION100
2.4015-2.44510.2741480.23068258X-RAY DIFFRACTION100
2.4451-2.49220.25261470.22498245X-RAY DIFFRACTION100
2.4922-2.5430.2431450.22418208X-RAY DIFFRACTION100
2.543-2.59830.25881460.21588252X-RAY DIFFRACTION100
2.5983-2.65880.23731490.21338158X-RAY DIFFRACTION100
2.6588-2.72520.24491460.2068310X-RAY DIFFRACTION100
2.7252-2.79890.27781480.2118204X-RAY DIFFRACTION100
2.7989-2.88130.29031450.20648194X-RAY DIFFRACTION100
2.8813-2.97420.23491460.21278281X-RAY DIFFRACTION100
2.9742-3.08050.27471460.2168254X-RAY DIFFRACTION100
3.0805-3.20380.25031450.20788216X-RAY DIFFRACTION100
3.2038-3.34960.25981420.1878185X-RAY DIFFRACTION100
3.3496-3.52620.18441480.18228260X-RAY DIFFRACTION100
3.5262-3.7470.19591490.16878257X-RAY DIFFRACTION100
3.747-4.03620.20051470.15618161X-RAY DIFFRACTION100
4.0362-4.44210.15621480.14768258X-RAY DIFFRACTION100
4.4421-5.08430.17651510.14418228X-RAY DIFFRACTION100
5.0843-6.40320.19931500.16778250X-RAY DIFFRACTION100
6.4032-47.91850.1851480.16978222X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1075-1.76-1.13212.54961.12332.5987-0.07270.2234-0.17810.2383-0.11470.26190.2054-0.26540.14150.4708-0.03250.02440.4602-0.06410.437-12.17236.449273.2178
20.6648-0.11620.07470.53810.08550.7873-0.0045-0.00580.06650.11520.1013-0.06440.26020.2063-0.04210.2592-0.0082-0.02430.2894-0.02080.28026.8183.477434.3972
30.58970.420.74391.13651.04571.28230.47120.8095-0.2025-1.151-0.19210.58640.7486-0.2161-0.23071.22310.3178-0.17871.2289-0.20560.693122.4154-17.39781.4951
40.51610.36770.1790.3324-0.04670.86390.00340.11250.1028-0.03410.0610.04990.03520.0838-0.07630.2924-0.0245-0.02710.2963-0.0020.298-1.24518.631329.2243
50.0249-0.0408-0.03670.05210.05580.05960.06730.42651.4471-0.3087-0.0949-0.2554-1.92720.8512-0.03271.0392-0.18830.07080.65860.25791.1737-39.206617.235229.1605
63.14712.15320.49694.69350.87391.4520.1974-0.08450.7391-0.3610.3827-0.3473-1.08080.4463-0.36510.7148-0.22570.19250.9535-0.08230.9359-40.073114.573937.2873
70.86010.228-0.0270.2495-0.0460.59060.07660.0803-0.0270.0661-0.0438-0.0314-0.01950.1875-0.01780.2751-0.0435-0.02460.2836-0.00870.27895.48246.501737.0989
82.06520.029-0.90681.6525-0.42862.3250.4040.5271-0.2831-0.1614-0.6480.7321-0.9183-1.37950.24270.73520.2660.02370.7893-0.15530.621223.5526-3.403467.1486
90.9978-0.3688-0.27780.22610.31031.3622-0.0277-0.1139-0.09420.16820.0696-0.00370.14140.416-0.04410.25510.0002-0.03790.33610.01860.304616.775.327941.0421
100.7610.15890.15950.9271-0.47832.0236-0.0637-0.1286-0.03220.2430.0833-0.0652-0.2569-0.0362-0.02380.390.0554-0.01650.2346-0.0180.3096-3.485919.22380.7224
110.9769-0.44170.25240.5415-0.06780.648-0.036-0.148-0.07160.14790.0737-0.06970.19070.0161-0.03610.43-0.04290.00590.3154-0.01160.3788-17.8292-10.801364.0513
121.40180.4469-0.69470.6117-0.18461.4749-0.1160.0968-0.22030.03180.04520.02930.4544-0.15250.01440.3981-0.10330.00450.2459-0.0490.3521-28.4193-13.891236.3491
133.70130.69312.7215.38550.41534.6796-0.07570.7194-0.8187-0.2515-0.2553-0.19521.0343-1.54820.14730.6999-0.19850.08130.9869-0.19470.5434-12.1729-18.702822.7849
140.01470.0676-0.01580.4247-0.12410.0383-0.0788-0.1456-0.01950.1250.03890.120.0452-0.06510.0011.3683-0.15290.27940.9101-0.08291.056-6.4755-6.967234.4763
153.5671-0.9132-1.14663.9510.22561.691-0.12040.4581-0.9737-0.15630.1619-0.15840.67270.177-0.25910.5168-0.09790.00110.3915-0.18130.5751-12.1018-14.711724.019
161.32990.2926-1.0820.8423-0.61980.9856-0.0217-0.49840.11850.04480.05070.16840.17490.274-0.04660.4277-0.0424-0.00610.3998-0.01820.3421-3.65987.690357.6681
171.3033-0.0151-0.09951.31660.78762.9819-0.06290.18510.06990.068-0.03430.43070.467-0.7168-0.01610.4946-0.08550.02660.50920.05830.4322-15.18543.87980.0395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 30 THROUGH 39 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 40 THROUGH 69 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 74 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 75 THROUGH 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 4 THROUGH 207 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 208 THROUGH 286 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 287 THROUGH 512 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 513 THROUGH 730 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 731 THROUGH 1030 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 1031 THROUGH 1365 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 8 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 9 THROUGH 9 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND (RESID 3 THROUGH 12 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND (RESID 12 THROUGH 21 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN E AND (RESID 22 THROUGH 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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