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Yorodumi- PDB-5fq5: Crystal structure of Cas9-sgRNA-DNA complex solved by native SAD ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5fq5 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Cas9-sgRNA-DNA complex solved by native SAD phasing | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / CRISPR / CAS9 / GENOME EDITING / PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationmaintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria)SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.136 Å | |||||||||
Authors | Olieric, V. / Weinert, T. / Finke, A. / Anders, C. / Jinek, M. / Wang, M. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2016Title: Data-Collection Strategy for Challenging Native Sad Phasing. Authors: Olieric, V. / Weinert, T. / Finke, A.D. / Anders, C. / Li, D. / Olieric, N. / Borca, C.N. / Steinmetz, M.O. / Caffrey, M. / Jinek, M. / Wang, M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5fq5.cif.gz | 977 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5fq5.ent.gz | 810.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5fq5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5fq5_validation.pdf.gz | 484.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5fq5_full_validation.pdf.gz | 506.7 KB | Display | |
| Data in XML | 5fq5_validation.xml.gz | 61.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5fq5_validation.cif.gz | 92.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/5fq5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
-
Components
-TARGET DNA STRAND ... , 2 types, 2 molecules CE
| #3: DNA chain | Mass: 3295.203 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
|---|---|
| #5: DNA chain | Mass: 5215.419 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-RNA chain / Protein / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABD
| #1: RNA chain | Mass: 27118.189 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 158875.031 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) / Gene: CAS9, CSN1, SPY_1046 / Plasmid: PEC-K-MBP / Production host: ![]() References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
| #4: DNA chain | Mass: 3410.229 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-Non-polymers , 3 types, 1123 molecules 




| #6: Chemical | | #7: Chemical | ChemComp-K / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Sequence details | D10A, H840A POINT MUTATIONS WERE INTRODUCED TO GENERATE CATALYTICALLY INACTIVE ENZYME N-TERMINAL ...D10A, H840A POINT MUTATIONS WERE INTRODUCED |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 3 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % Description: ACTUAL RMEAS FOR HIGHEST RESOLUTION SHELL IS 1.729 |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 2.066 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 2.066 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 113763 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0.76 / Redundancy: 148.1 % / Biso Wilson estimate: 40.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 28.61 |
| Reflection shell | Resolution: 2.14→2.19 Å / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / % possible all: 65 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SADStarting model: NONE Resolution: 2.136→47.906 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.49 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.136→47.906 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation










PDBj
































































